Введение
1. Обзор литературы 6
1.1. Биочипы: технология изготовления и область применения.6
1.1.1 Предпосылки к использованию микрочипов 6
1.1.2 Микрочипы фирм Affymetrix, Protogene, Nimble Gen 8
1.1.3 Матричные микрочипы с пре-синтезированными зондами 10
1.1.1. Методы обработки и анализа микрочипных данных 13
1.2.1 Методы представления, нормализации и трансформации данных в экспериментах с биомикрочипами 13
1.2.2 Анализ микрочипных данных методами неконтролируемой классификации 23
1.2.3 Анализ микрочипных данных методами контролируемой классификации 28
1.3. Специфика постановки экспериментов по экспрессии генов в течение клеточного цикла и возможные виды анализа результатов 32
1.4. Хранение и аннотирование данных о белковых последовательностях 35
2. Материалы и методы 41
2.1 Материалы 41
2.2 Методы 53
2.2.1 Индукционный алгоритм 53
2.2.2 Дискретизация по методу Fayyad и Irani 58
2.2.3 Определение характеристической выборки 60
2.2.4 Метод кривых рабочих характеристик 61
2.2.5 Подготовка и анализ данных 63
3. Результаты и обсуждение 70
3.1. Анализ данных по генной экспрессии методом контролируемой классификации 70
3.1.1 Поиск правил классификации 72
3.1.3 Классифицирующие правила 74
3.1.4 Верификация полученных правил 82
3.2. Идентификация наиболее информативных характеристических мотивов InterPro и исследование влияния качества мотивов на точность автоматической аннотации белковых последовательностей с помощью InterPro 86
Выводы 94
