Введение
ГЛАВА I. "Простые" последовательности в геноме эукариот 9
1.1. Повторяющиеся последовательности ДНК в геноме. эукариот
1.2. Сателлитные ДНК (стДНК) 12
1.3. Полипиримидиновые-полипуриновые последовательности ДНК, их возможные функции 17
1.4. Присутствие "простых" последовательностей на концах линейных молекул экстрахромосомалышх рибосомных ДНК (рДНК) 21
1.5. "Простые" последовательности ДНК и транспозиция генов 23
1.6. Возможное участие "простых" последовательностей ДНК в процессах поддержания гомогенности структуры муль-тигенных семейств 25
1.7. Способность некоторых "простых" последовательностей к переходу в Z -конформацию ДНК 30
1.8. "Простые" повторяющиеся последовательности, входящие в состав генов, кодирующих фибриллярные белки 32
1.9. "Простые" последовательности в геноме вируса Эпштейн- Барра 34
ГЛАВА II. Интеграция аденовирусной днк в геном клетки-хозяина.Экспериментальная часть 46
ГЛАВА III. Материалы и методы 47
III.1. Выращивание рекомбинантных фагов Харон 4А, содержащих библиотеку генов крысы, и иммобилизация фаговой ДНК на нитроцеллюлозные фильтры 47
III.2. Получение препаратов ДНК, меченых методом "смещение одноцепочечных разрывов" 48
III.3. Гибридизация ДНК, иммобилизованной на нитроцеллюлоз-ных фильтрах, с мечеными пробами ДНК 48
III.4. Радиоавтография 49
III.4.1. Анализ гибридизационных фильтров 49
III.4.2. Анализ полиакриламидных гелей 50
III.5. Отбор индивидуальных клонов из библиотеки генов крысы, гибридизущихся с ДНК аденовируса типа 5 50
III.6. Выделение ДНК из рекомбинантных фаговых клонов .51
III.7. Выделение и очистка плазмидной ДНК 53
III.7.1. Выделение плазмидной ДНК в препаративных количествах 53
III.7.2. Очистка плазмидной ДНК гель-фильтрацией на колонке биогеля А 15м 55
III.7.3. Центрифугирование плазмидной ДНК в градиенте плотности хлористого цезия 55
III.7.4. Выделение плазмидной ДНК в аналитических количествах 56
III.8. Обработка ДНК рестрикционными эндонуклеазами 56
III.9. Разделение фрагментов ДНК электрофорезом в агароз-ных и полиакриламидных гелях 57
III.10.Зйектроэлюция фрагментов ДНК из агарозных и поли акриламидных гелей 58
III.11.Перенос фрагментов ДНК из агарозного геля на нит- роцеллюлозные фильтры 59
III.12. Субклонирование фрагментов ДНК крысы в плазмидном векторе 60
III.12.1. Получение векторной ДНК 60
III.12.2. Реакция лигирования 60
III.12.3. Приготовление компетентных клеток Е.СОІІ и их трансформация плазмидной ДНК 61
III.12.4. Отбор рекомбинантных клонов 62
III. 13. Определение первичной структуры ДНК 63
III. 13.1. Дефосфорилирование фрагментов ДНК 63
III.13.2. Введение 5-концевой метки в ДНК 64
III.13.3. Введение 3- концевой метки в ДНК 64
III.13.4. Получение фрагментов ДНК, меченых по одному концу 65
III. 13.5. Зілюция меченых фрагментов ДНК из ПААГ 65
III.13.6. Частичная химическая модификация меченых по
одному концу фрагментов ДНК 66
III. 13.7. Разделение продуктов частичной химической моди
фикации меченых фрагментов ДНК в ПААГе в денату
рирующих условиях 69
III. 14. Анализ первичной структуры ДНК с помощью ЭВМ .70
III.15. Реактивы и материалы, использованные в работе...70
ГЛАВА ІV. Результаты 72
ІV.І. Получение клонов из библиотеки генов крысы, гибридизующихся с ДНК аденовируса типа 5 72
ІV.2. Картирование и определение первичной структуры фрагментов ДНК, гибридизующихся с ДНК Ад5 75
ІV.З. Выяснение локализации участков генома аденовируса типа 5, комплементарных ДНК рекомбинантных клонов ..85
ІV.4. Выяснение частоты встречаемости в геноме крысы "простых"последовательностей, комплементарных ДНК Ад5...88
Обсуждение результатов 93
Выводы 111
Список литературы 112
