Введение
Глава 1. Обзор литературы 5
1.1. Открытие явления самоорганизации белка 5
1.2. Открытие одностадийного перехода («все или ничего») в кинетике 6
1.3. Экспериментальное изучение ядер сворачивания 9
1.4. Теоретические подходы к изучению самоорганизации белка 15
Глава 2. Описание модели 23
2.1. Условия моделирования: точка термодинамического равновесия 23
2.2. Сеть путей сворачивания/разворачивания 24
2.3. Оценка свободной энергии 25
2.4. Поиск переходных состояний на путях разворачивания белка 27
2.5. Анализ сети путей сворачивания/разворачивания белка при помощи метода динамического программирования: поиск оптимального переходного состояния 30
2.6. Анализ сети путей сворачивания/разворачивания белка при помощи метода динамического программирования: полный набор возможных переходных состоянийЗІ
2.7. Ограничения, присущие поиску переходных состояний методом динамического программирования 33
2.8. Поиск переходных состояний методом Монте-Карло 33
Глава 3. Предсказание локализации ядер сворачивания и сравнение результатов расчёта с экспериментальными данными 35
3.1. Вычисление величин Ф 35
3.2. Создание базы данных белков с экспериментально исследованной локализацией ядер сворачивания 37
3.3. Сравнение экспериментально полученных величин Ф с вычисленными при помощи метода динамического программирования 41
3.4. Предсказание ядер сворачивания в белках, для которых экспериментальных данных по ядрам сворачивания пока нет 54
3.5. Сравнение качества предсказаний ядер сворачивания при использовании метода динамического программирования и метода Монте-Карло 56
Глава 4. Сравнение контактов в структурах белков, расшифрованных методами рситгеноструктурного анализа и ЯМР 59
4.1. Создание базы данных 59
4.2. Контакты аминокислотных остатков в ЯМР и РСА структурах 62
4.3. Анализ водородных связей в РСА и ЯМР структурах 66
Глава 5. Расчёт скоростей сворачивания и сравнение результатов расчёта с экспериментальными данными 70
5.1. Оценка скорости сворачивания белка по вычисленной свободной энергии переходного состояния 70
5.2, Вычисление скоростей сворачивания методом Монте-Карло 72
Заключение 76
Выводы 77
Список литературы
