Введение
Глава 1. Обзор литературы 12
1.1 Основные этапы течения 7-й пандемии холеры в мире 12
1.2 Особенности холерных вибрионов Эль Тор в период 7-й пандемии 20
Собственные исследования
Глава 2. Материалы и методы 32
2.1 Материалы 32
2.1.1 Бактериальные штаммы 32
2.1.2 Препараты 36
2.1.2.1 Реактивы 36
2.1.2.2 Питательные среды 36
2.1.2.3 Диагностические холерные сыворотки 36
2.1.2.4 Диагностические холерные бактериофаги 37
2.1.2.5 Олигонуклеотидные праймеры 37
2.1.3 Информационные материалы 39
2.2 Методы 40
2.2.1 Программное обеспечение 40
2.2.2 Подготовка проб для исследования в ПЦР 41
2.2.3 Полимеразная цепная реакция 41
2.2.4 Секвенирование ДНК 42
Глава 3. Создание информационной системы «холера на кавказе: штаммы холерных вибрионов» 43
3.1 Разработка информационной системы 43
3.2 Работа с информационной системой 45
3.3 Краткая эпидемиологическая характеристика вспышек холеры на Кавказе 48
3.3.1 Республика Дагестан 48
3.3.2 Краснодарский край з
3.3.3 Ставропольский край 51
3.3.4 Республика Азербайджан 53
3.3.5 Республика Армения 54
3.3.6 Республика Грузия 54
3.4 Сезонность 54
Глава 4. Характеристика холерных вибрионов эльтор, обусловивших эпидемическое неблагополучие на кавказе 56
4.1 Генетическая характеристика штаммов в V. cholerae биовара Эль
Тор, изолированных на Кавказе 56
4.2 Изменчивость генома профага СТХф 62
4.3 Сравнительный анализ нуклеотидных последовательностей гена
ctxB типичных и измененных штаммов V. cholerae биовара Эль Тор.. 64
4.4 Изучение распространенности SXT-элемента в штаммах V. cholerae биовара Эль Тор 67
4.5 Структура генома измененных вариантов V. cholerae биовара Эль Тор 72
4.6 Культурально-морфологические, биохимические, серологические, фаголизабельные и другие свойства типичных и измененных V. cholerae биовара Эль Тор 76
4.7 Изучение антибиотикорезистентности клинических штаммов V. cholerae биовара Эль Тор, выделенных на Кавказе 83
Глава 5. Эпидемиологическое районирование административных территорий по риску заноса и распространения холеры (на примере ставропольского края - территории I типа по эпидемическим проявлениям холеры) 89
5.1 Общая характеристика территории Ставропольского края 90
5.2 Оценка риска заноса холеры на примере Ставропольского края... 91
5.2.1 Ранжирование административных территорий Ставропольского края по риску заноса холеры 94
5.3 Факторы риска распространения холеры 103
5.3.1 Анализ качества проб воды по микробиологическим показателям в разводящей сети Ставропольского края 104
5.3.2 Анализ качества проб воды по микробиологическим показателям в источниках централизованного питьевого водоснабжения 107
5.3.3 Оценка коммунального благоустройства административных территорий 108
5.3.4 Выделение из объектов окружающей среды V. cholerae Ol и nonOl/0139 109
5.3.5 Природно-климатические условия на территории Ставропольского края 111
5.4 Ранжирование административных территорий Ставропольского края по риску распространения холеры 114
5.5 Выделение административных территорий с высоким риском заноса и распространения холеры 116
5.6 Использование эпидемиологического районирования территории Ставропольского края с целью совершенствования эпидемиологического надзора 118
Заключение 122
Выводы 128
Список принятых обозначений и сокращений 130
Список литературы 1
