Введение
Глава 1. Обзор литературы .16
1.1. Гетерохроматин (ГХ) и хромоцентры .16
1.2. Диспергированные повторы 19
1.2.1. ERV 19
1.2.2. LINE и SINE 21
1.3. ТП и их эволюция 22
1.4. Транскрипция ТП .24
1.5. ТП мышевидных грызунов .27
Глава 2. Материалы и методы 31
2.1. Выделение ДНК хромоцентров и секвенирование 31
2.1.1. Выделение ДНК хромоцентров .31
2.1.2. Секвенирвание ДНК хромоцентров. ChrmC .31
2.2. In silico методы 31
2.2.1. Риды полногеномного секвенирования (wgHTS) .31
2.2.2. Анализ содержания повторов в ДНК хромоцентров (ChrmC) и в ридах полногеномного секвенирования (wgHTS) юююю 32
2.2.3. Сборка и аннотация контигов .33
2.2.4. Поиск контигов WGS, содержащих ТП и фрагменты ERV 33
2.2.5. Анализ покрытия последовательностей 34
2.2.6. Поиск ТП в геномах хомяков .34
2.2.7. Оценка содержания ТП в геномах грызунов .35
2.2.8. Короткие одноцепочечные олигонуклеотидные пробы .35
2.3. In vitro и in situ методы 36
2.3.1 Культуры клеток 36
2.3.2. Получение препаратов метафазных пластинок хромосом из животного материала .37
2.3.3. Получение препаратов метафазных пластинок хромосом из культур клеток 37
2.3.4. Пробы последовательностей сателлитной ДНК Mus musculus .38
2.3.5. Клонирование ДНК хромоцентров .38
2.3.6. Приготовление пробы первичной перетяжки хромосом Mus musculus .39
2.3.7. Флуоресцентная гибридизации in situ (FISH) 39
2.3.8. Окраска хромосом DAPI и кариотипирование .40
Глава 3. Результаты 42
3.1. ДНК хромоцентров .42
3.2. Секвенирование ДНК хромоцентров .42
3.3. Содержание повторов в хромоцентрах .43
3.4. Сборка контигов и их аннотация 45
3.5. Эндогенные ретровирусы (ERV) в хромоцентрах .48
3.5.1. In situ доказательство наличия IAP в контитутивном гетерохроматине .53
3.6. Фрагмент LINE в хромоцентрах .54
3.6.1. Фрагмент LINE в ChrmC .54
3.6.2. Экспериментальное доказательство наличия фрагмента LINE в конститутивном гетерохроматине .56
3.7. Тандемные повторы в хромоцентрах .60
3.7.1. Тандемные повторы в ChrmC .60
3.7.2. Анализ ТП in situ 62
3.8. Сложный состав хромоцентров на основании позиций ТП и фрагмента LINE .67
3.9. ТП у разных родов мышевидных грызунов 69
Глава 4. Обсуждение .75
4.1. Хромоцентры 75
4.2. Диспергированные повторы в хромоцентрах 76
4.2.1. ERV 76
4.2.2. LINE 78
4.3. ТП в хромоцентрах и конститутивном гетерохроматине 80
4.3.1. In situ анализ ТП 82
4.4. Анализ сложной организации хромоцентров мыши 83
4.5. Эволюция тандемных повторов у мышевидных грызунов 86
Выводы 89
Список использованной литературы 90
Приложение 1 107
Приложение 2 108
Приложение 3 111
Приложение 4 112
Приложение 5 113
Благодарности 114
