Введение
Глава 1. Обзор литературы 13
1.1. Основные характеристики исследуемых видов 13
1.1.1. Кета Oncorhynchus keta Walbaum, 1792 13
1.1.2. Сахалинский таймень Parahucho perryi Brevoort, 1856 15
1.1.3. Род Tribolodon (Pisces, Cyprinidae) 17
1.2. Концепция филогеографии 18
1.2.1. Общая характеристика исследований 18
1.2.2. Основные методы и молекулярные маркеры 20
1.2.3. Особенности филогеографии пресноводных рыб 22
1.2.4. Особенности филогеографии морских рыб 24
1.3. Гипотеза молекулярных часов 25
1.3.1. Общие сведения 25
1.3.2. Способы калибровки молекулярных часов 26
1.3.3. Проблемы установления времени дивергенции на основе молекулярных часов 30
1.3.4. Скорость эволюции ДНК исследуемых групп рыб 32
1.4. Ретроспективное изучение демографической истории популяций 35
1.4.1. Коалесцентные методы анализа 35
1.4.2. Метод байесовских контурных диаграмм 37
1.4.3. Основные ограничения методов оценки демографической истории 38
Глава 2. Материалы и методы 42
2.1. Материалы исследования 42
2.2. Выделение ДНК 45
2.3. ПЦР 45
2.4. Определение нуклеотидных последовательностей ДНК 47
2.5. Редактирование и выравнивание последовательностей 48
2.6. Филогенетический анализ 49
2.7. Реконструкция демографической истории популяций 52
Глава 3. Результаты 56
3.1. Кета Oncorhynchus keta 56
3.2. Сахалинский таймень Parahucho perryi 62
3.3. Крупночешуйная красноперка Tribolodon hakonensis 68
3.4. Мелкочешуйная красноперка Tribolodon brandtii 74
Глава 4. Обсуждение 81
4.1. Закономерности пространственного распределения генетической изменчивости исследуемых видов 81
4.2. Датировка этапов дивергенции внутривидовых единиц 89
4.3. Роль палеоклиматических изменений в демографической истории видов 94
Заключение 97
Выводы 99
Список литературы 100
Приложения I – XIII .134–157
