Введение
1. Line элементы 10
1.1 Структура и классификация li элементов 10
1.2 Распределение по геному человека 11
1.3 Функциональная активность 12
2 Эндогенные ретровирусы человека 16
2.1 Строение herv 17
2.2 Классификация 19
2.3 Представленность и локализация herv и ltr в геноме 21
2.4 Распределение herv и ltr по хромосомам 22
2.5 Активность herv и одиночных ltr 24
2.6 Факторы, влияющие на экспрессию herv 33
2.7 Возможі юе участие erv в различных нормальных и патофизиологических процессах 35
2. Результаты и обсуждение 47
2.1 Анализ транскрипционной активности иіщивидуальньгх ltr семейства herv-k 47
2.2 Анализ транскрипционной активности индивидуальных ltr herv-k в нормальных и опухолевых тканях человека 58
2.2.1 Чувствительность и репрезентативЕюсть метода SDDIR 65
2.2.2 Варианты SDDIR 68
2.2.3 Транскрипциовніая активность LTR HERV-K 78
2.3 Поиск специфичных длл опухолей интеграции ltr herv-k и line 1 80
2.4 Оценка чувствительности метода TGDA 85
2.5 TGDA опухоль-специфичных интеграции LTR HERV-K и LINE1 90
2.6 Идентификация дифференциальных фрагментов 90
3. Экспериментальная часть 95
3.1 Материалы 95
3.1.1 Ферменты и реактивы 95
3.1.2 Оборудование 96
3.1.3 Расходные материалы 96
3.1.4 Буферные и другие растворы 97
3.1.5 Микробиологические среды 99
3.1.6 Ткани 99
3.1.7 Праймеры, последовательность нуклеотидов 100
3.2 Методы исследования 103
3.2.1 Выделение РНК и геномной ДНК 103
3.2.2 Обработка ДНКазой 104
3.2.3 Синтез первой цепи кДНК 105
3.2.4 PCR 105
3.2.5 Определение первичной струЕстуры клонированных фрагментов ДНК и PCR фрагментов 107
3.2.6 Подбор праймеров для амплификации 107
3.2.7 Поиск гомологии, картирование в геноме человека 107
3.2.S ДиффсрснЕуЕальный дисплей SDDIR (Selective Differential Display of RNAs containing Interspersed Repeats ) 107
3.2.9 Модифицированный TGDA (Targeted Genomic Difference Analysis) 111
3.3 Приготовление вложенного контроля 113
Выводы 118
