Введение
ГЛАВА 1. Обзор литературы 26
1.1 Классификация и номенклатура нетуберкулезных микобактерий 26
1.2 Экология М. аvium 27
1.3 Вирулентность М. avium 29
1.4 Микобактериоз 30
1.4.1. Эпидемиология и клинические проявления 30
1.4.2 Микробиологическая диагностика микобактериоза 33
1.4.3 Лекарственная чувствительность М. avium 34
1.5 Характеристика генома M. avium 35
1.5.1 Структура генома 35
1.5.2 Молекулярная эволюция и геномный полиморфизм 37
1.5.3 Механизмы генетического обмена 39
1.6 Геноидентификация M. avium 41
1.7 Генотипирование M. avium 42
1.7.1 VNTR- и MATR-типирование 44
1.7.2 IS1245- и IS1311- RFLP-типирование 45
Собственные исследования 49
ГЛАВА 2. Генотипическая характеристика M. avium 49
2.1 Генодентификация клинических изолятов микобактерий 49
2.1.1 Видовая идентификация 49
2.1.2 Определение подвида M. avium путем детекции инсерционных элементов IS900 и IS901 50
2.2 Оценка аллельного полиморфизма штаммов M. avium subsp. hominissuis с использованием вариабельных локусов VNTR и MATR 51
2.2.1 Генотипирование штаммов MAH с использованием восьми локусов VNTR 51
2.2.2 Оценка дискриминирующей способности 8 локусов VNTR 54
2.2.3 Генотипирование штаммов MAH с использованием 15 локусов MATR 54
2.2.4 Оценка дискриминирующей способности 15 локусов MATR 57
ГЛАВА 3. Оптимизация схемы генотипирования mah с учетом аллельного полиморфизма локусов VNTR и MATR 60
ГЛАВА 4. Характеристика полиморфизма клинических изолятов M. avium subsp. hominissuis на основе инсерционной последовательности is1245 65
Заключение 69
Выводы 76
Практические рекомендации 77
Переспективы дальнейшей разработки темы 77
Список использованных сокращений 78
Список литературы
