Введение
Глава I. Обзор литературы 12
1.1. С-парадокс: две стороны одной загадки 12
1.2. Основные гипотезы о биологической роли избыточной ДНК 14
1.3. Рекомбинация ДНК 15
1.3.1. Гомологичная рекомбинация 16
1.3.2. Негомологичная, или незаконная рекомбинация 17
1.4. Диминуция хроматина как возможный ключ к решению С-
парадокса 21
1.4.1. Реорганизация генома при созревании вегетативных ядер (макронуклеусов) у инфузорий 22
1.4.2. Диминуция хроматина у нематод 28
1.4.3. Диминуция хроматина у циклопов 35
Заключение по обзору литературы 41
Глава II Материалы и методы 44
2.1. Микродиссекция гранул и создание библиотек 45
2.2. Мечение ДНК и флуоресцентная гибридизация in situ (FISH) 47
2.3. Подготовка компетентных клеток Е. coli 48
2.4. Трансформация плазмидной ДНК в клетки Е. coli 49
2.5. Выделение нуклеиновых кислот 49
2.5.1. Выделение геномной ДНК циклопов 49
2.5.2. Быстрое выделение микроколичеств плазмидной ДНК для скрининга большого количества трансформантов 50
2.5.3. Выделение ДНК плазмид методом щелочного лизиса 50
2.6. Электрофорез нуклеиновых кислот в агарозных гелях 51
2.7. Элюция ДНК из агарозного геля 51
2.8. Гидролиз ДНК эндонуклеазами рестрикции 52
2.9. Метод полимеразной цепной реакции (ПЦР) 52
2.10. Молекулярное клонирование 54
2.15. Определение последовательности нуклеотидов ДНК методом Сэнгера 54
2.16. Компьютерный анализ нуклеотидных последовательностей ДНК 55
Глава III. Результаты 56
3.1. Изучение структуры элиминированной ДНК С. kolensis московской популяции 56
3.1.1. Получение диминуционной ДНК циклопа 56
3.1.2. Общая характеристика последовательностей эДНК 58
3.1.3. Семейства повторяющихся последовательностей 59
3.1.4. Анализ выборки S1 64
3.2. Создание клонотеки постдиминуционной ДНК С. kolensis московской популяции 70
3.2.1. Общая характеристика последовательностей постдиминуционной ДНК 71
3.2.2. Компьютерный анализ нуклеотидных последовательностей постдиминуционной ДНК 72
3.3. Сравнительный анализ ДХ у С. kolensis московской и байкальской популяций 79
3.4. Присутствие фрагментов эДНК в геноме С. kolensis байкальской популяции 81
Глава IV. Обсуждение 88
Выводы. 101
Список литературы
