Введение
1. Структура рибосом 13
1.1. Структура рибосомных белков и РНК 13
1.2. Четвертичная структура рибосом 18
1.3. Функциональные центры рибосом 24
1.4. Резюме 2.5
2. Структурная лабильность рибосом 26
2.1. Ассоциация - диссоциация рибосом 26
2.2. Структурная лабильность рибосомных субчастиц 32
2.3. Резюме 35
3. Функционирование рибосом 36
3.1. Основные компоненты системы трансляции 39
3.2. Связывание аминоацил-тРНК 43
3.3. Образование пептидной связи (транспептидация) 46
3.4. Транслокация 48
3.5. Резюме 51
4. динамика транслирующих рибосом .53
4.1. Динамические модели транслирующих рибосом и их экспериментальная проверка 53
4.2. Роль факторов элонгации и (И?Р в процессе трансляции 58
4.3. Резюме 63
5. Постановка задачи и выбор методов исследования 64
5.1. Постановка задачи 64
5.2. Выбор методов исследования 65
5.2.1. Твердофазная система трансляции 65
5.2.2. Электронная микроскопия 65
5.2.3. Сравнительный седиментационный анализ 66
5.2.4. Методы диффузного рентгеновского и нейтронного рассеяния 67
5.3. Резюме 74
2 Эксжрименталніая часть 75
2 Материалы и методы 76
1. Выращивание бактериальной массы 76
2. Выделение и хранение рибосом 76
3. Выделение тотальной ферментной фракции 77
4. Выделение препарата суммарной тРНК 78
5. Аминоацилирование суммарной тРНК фенилаланином 79
6. Получение фрагментированной поли(У) длиной ІІ0-І40 нуклеотидов с окисленным периодатом 3-концом 80
7. Получение поли(У), ковалентно связанной с твердым носителем (сефарозой) за 3-конец через расщепляемый s-S-мостик.(Сефароза-Б-Б-поли(У)) 81
8. Подбор оптимальных соотношений компонентов трансляции на свободной поли(У) 82
9. Получение пре-транслокационных и пост-транслокационных состояний транслирутацих рибосом с помощью колонок, содержащих иммобилизованную полиуридиловую кислоту 85
10. Тестирование функциональных состояний претранслокационных и пост-транслокационных рибосом 88
11. Электронная микроскопия транслирующих рибосом 89
12. Сравнительный седиментационный анализ 90
13. Малоугловое диффузное рассеяние нейтронов (метод вариации контраста в нейтронном рассеянии) 91
14. Малоугловое диффузное рентгеновское рассеяние 95
15. Материалы 96
3 Результаты 97
1. Получение пре-транслокационных и пост-транслокационных состояний транслирующих рибосом с помощью колонок, содержащих иммобилизованную полиуридиловую кислоту 98
2. Сравнение пре-транслокационных и пост-транслокационных состояний рибосом методом электронной микроскопии 106
3. Сравнительный седиментационный анализ пре-транслокационных и пост-транслокационных состояний рибосом 110
4. Сравнение компактности пре-транслокационных и посттранслокационных состояний рибосом методом диффузного рентгеновского рассеяния и вариации контраста в нейтронном рассеянии 119
4 Обсуждение результатов 129
1. Сравнительный седиментационный анализ пре-транслока-ционного и пост-транслокационного состояний рибосом 130
2. Сравнение компактности пре-транслокационного и пост-транслокационного состояний рибосом методами рассеяния нейтронов, рентгеновских лучей и электронной микроскопии 134
3. Перспективы дальнейших исследований, вытекающих из полученных результатов 139
Выводы 142
