Введение
Глава 1. Моделирование взаимодействия белка с лигандом 10
1.1 Теоретические основы для описания взаимодействия белка с лигандом 11
1.1.1 Основные понятия термодинамики и статистической физики 11
1.1.2 Выражение свободной энергии образования комплекса через конфигурационные интегралы 17
1.1.3 Потенциал усредненных сил 21
1.1.4 Неявный учет молекул растворителя 22
1.1.5 Пренебрежение гибкостью белка 24
1.1.6 Замена переменных в конфигурационных интегралах, «жесткие» степени свободы 1.2 Метод молекулярного докинга 30
1.3 Оценочные функции на основе усредненных межатомных взаимодействий
1.3.1 Статистические оценочные функции 37
1.3.2 Оценочные функции на основе усредненных потенциалов межатомного взаимодействия с дополнительными слагаемыми
1.4 Изменение внутренней энергии лиганда при образовании белок-лигандного комплекса 51
1.5 Тестовые наборы для оценки качества программ докинга 52
Глава 2. Методы и материалы 56
2.1 Используемая программа докинга и ее модификация 56
2.1.1 Базовая оценочная функция 56
2.2 Тестовый набор белок-лигандных комплексов 57
2.2.1 Подготовка тестового набора 58
2.2.2 Особые случаи среди комплексов тестового набора з
2.2.3 Используемые подмножества тестового набора 62
2.3 Критерии оценки качества докинга 65
Глава 3. Результаты и обсуждение 67
3.1 Анализ внутренних взаимодействий лигандов тестового набора 67
3.2 Модификация оценочной функции 76
3.3 Влияние учета внутрилигандных взаимодействий на точность докинга и оценки энергии связывания 81
3.4 Сравнение результатов докинга с другими программами 92
3.5 Лиганды белков, найденные с помощью расчетов, использующих предложенную модификацию оценочной функции 98
Заключение 101
Список литературы 104
Список рисунков
