Введение
Глава 1. Общая характеристика инициации транскрипции прокариот 6
1.1. РНК-полимераза Escherichia coli как типичный представитель РНК-полимераз эубактерий. Строение минимального (кор-фермента) и холофермента РНК-полимеразы 6
1. 2. Структурные элементы промоторов и их взаимодействие с РНК-полимеразой 9
1. 3. Современное представление о механизме инициации транскрипции прокариот 12
Глава 2. Активация экспрессии генов 17
2.1. Взаимодействие активаторов с С-концевым доменом а-субъединицы (aCTD) 19
2.2. Активаторы, контактирующие с областью 4 а -субъединицы РНК-полимеразы 21
2. 3. Другие поверхности РНК-полимеразы, взаимодействующие с активаторами инициации транскрипции 21
2. 4. Активаторы транскрипции, осуществляющие два контакта с РНК-полимеразой 22
2. 5. Влияние активаторов на конформацию промотора 23
2. 6. Зависимость экспрессии промоторов от действия нескольких активаторов транскрипции 25
2. 7. Регуляция промоторов с участием белка CRP 26
2. 7.1. Общая характеристика белка CRP 27
2.7. 2. Классификация CRP-зависимых промоторов 28
Глава 3. Механизмы транскрипционной репрессии 39
3.1. Ингибирование связывания РНК-полимеразы с промотором 39
3. 2. Ингибирование промотора на стадии образования транскрипционного пузырька 41
3. 3. Репрессоры, влияющие на процесс освобождения промотора 42
3. 4. Некоторые репрессоры бактериальной транскрипции 44
3. 4. 1. Белок-репрессор Lad 45
3. 4. 2. Белок-репрессор GalR 47
3. 4. 3. Белок-репрессор CytR 49
Глава 4. Особенности структурно-функциональной организации и регуляции генов катаболизма нуклеозидов 53
4.1. Структура и регуляция экспрессии генов fifeo-оперона 54
5. 2. Регуляции экспрессии гена cdd 59
4. 3. Регуляции экспрессии гена udp 60
Экспериментальная часть материалы и методы 61
Глава 5. Структурно-функциональная характеристика генов udp из грамотрицательных бактерий 74
5.1. Клонирование и определение нуклеотидных последовательностей гена udp из Yersinia pseudotuberculosis и Vibrio cholerae 74
5. 2. Сравнительный анализ аминокислотных последовательностей фермента уридинфосфорилазы из гамма-протеобактерий Е. coli, S. typhimurium, Y. pseudotuberculosis и V. cholerae 82
5. 3. Сравнительный анализ структурно-функциональной организации регуляторной области гена udp грамотрицательных бактерий 89
Глава 6. Мутационный анализ регуляторной области гена udp Е. coli и S. typhimurium 100
6.1. Получение мутаций в регуляторной области гена udp Е. coli, их классификация и первичная характеристика 100
6.1.1. Характеристика мутаций, затрагивающих Прибнов-блок 104
6. 1. 2. Свойства мутантов с модифицированными сайтами связывания белка CRP 107
6.1. 3. Свойства мутантов с модифицированными сайтами связывания белка-репрессора CytR 111
6. 2. Сравнительная характеристика мутаций в области сайта связывания белка-репрессора CytR промоторов udpP Е. coli и udpP S. typhimurium 113
6. 2.1. Влияние нуклеотидных замен на экспрессию генов udp Е. coli и S. typhimurium. Изучение способности мутантных промоторов к связыванию с ос-субъединицей RNAP в системе in vitro 114
6. 2. 2. Влияние полученных мутаций на способность промотора к титрованию белка-репрессора CytR in vivo. Изучение способности мутантных промоторов к связыванию с регуляторным белком CytR 119
Обсуждение 123
Выводы 130
Список литературы
