СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ ............................................................................................. 4
ВВЕДЕНИЕ ...................................................................................................................... 8
ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ .............................................................................. 16
1.1 Народно-хозяйственное значение винограда ................................................... 16
1.2 Основные возбудители болезней винограда .................................................... 19
1.3 Методы защиты винограда от основных фитопатогенов ............................... 22
1.4 Особенности колонизации эндофитных микроорганизмов и иммунный ответ
растений ..................................................................................................................... 25
1.5 Благоприятные воздействия эндофитов на состояние растения .................... 29
1.6 Эндофитные микроорганизмы винограда как активаторы защитных свойств
винограда .................................................................................................................... 30
ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ...................................................................... 33
2.1 Сбор материала и условия стерилизации ......................................................... 33
2.2 Микробиологический высев эндофитных микроорганизмов винограда ...... 37
2.3 Обработка культуры клеток V. amurensis эндофитами винограда и
биопрепаратами на их основе .................................................................................. 38
2.4 Анализ антагонистический активности B. velezensis AMR25 против
патогенов растений ................................................................................................... 39
2.5 Выделение и анализ нуклеиновых кислот ........................................................ 40
2.5.1 Выделение ДНК из штаммов эндофитов и секвенирование по Сэнгеру 40
2.5.2 Выделение ДНК для секвенирования метагенома и
биоинформатический анализ ............................................................................... 41
2.5.3 Выявление P. viticola с помощью количественного ПЦР РВ .................. 45
2.5.4 Выделение ДНК для секвенирования полного генома B. velezensis
AMR25 и биоинформатический анализ .............................................................. 47
2.5.5 Выделение РНК, получение комплементарной ДНК и проведение
количественного ПЦР РВ ..................................................................................... 49
2.6 Высокоэффективная жидкостная хроматография ........................................... 50
2.7 Статистическая обработка данных .................................................................... 51
ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ ............................................................................................. 53
3.1 Разработка метода выделения ДНК для метагеномного анализа .................. 53
3.2 Состав и структура эндофитов винограда на Дальнем Востоке России. ...... 56
3.2.1 Результаты высокопроизводительного секвенирования геномной ДНК из тканей винограда .............................................................................................. 56
3.2.2 Состав и структура эндофитных бактерий в дикорастущих V. amurensis, V. coignetiae и широко культивируемых сортах винограда, возделываемых в Приморском крае................................................................................................... 57
3.2.3 Состав и структура эндофитных грибов в V. amurensis, V. coignetiae и широко культивируемых сортах винограда, возделываемых в Приморском крае ......................................................................................................................... 61
3.3 Выявление возбудителя ложной мучнистой росы в винограде ..................... 65
3.4 Сравнительный анализ состава эндофитов в образцах винограда, пораженных P. viticola .............................................................................................. 68
3.5 Анализ in silico потенциальных микроорганизмов-антагонистов P. viticola 70
3.6 Анализ эффективности применения ПЦР РВ SYBR Green I для выявления P. viticola в винограде .................................................................................................... 72
3.7 Влияние основных эндофитов винограда и препаратов на их основе на культуру клеток V. amurensis ................................................................................... 77
3.7.1 Анализ воздействия нативных эндофитов винограда на рост клеток и содержание стильбенов в культуре клеток V. amurensis .................................. 77
3.7.2 Анализ воздействия сухих биопрепаратов на основе эндофитов винограда на рост клеток и содержание стильбенов в культуре клеток V. amurensis ............................................................................................................ 84
3.8 Антипатогенные свойства эндофитной бактерии B. velezensis AMR25, выделенной из V. amurensis ...................................................................................... 96
3.9 Секвенирование полного генома эндофитной бактерии винограда B. velezensis AMR 25 ................................................................................................. 97
3.9.1 Аннотация полного генома AMR25 и сравнительный анализ ................ 97
3.9.2 Генетические элементы B. velezensis AMR25, ответственные за взаимодействие растений и бактерий ............................................................... 104
ГЛАВА 4. ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ ............................................................ 106
ЗАКЛЮЧЕНИЕ ........................................................................................................... 121
ВЫВОДЫ ..................................................................................................................... 122
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ ........................................................................................... 124
