Введение
Глава 1. Обзор литературы 11
1.1 В-хромосомы 11
1.1.1 Добавочные хромосомы в различных таксонах 12
1.1.2 Вариабельность количества В-хромосом и поведение в клеточном делении
1.1.3 Морфология, молекулярный состав и транскрипционная активность 17
1.1.3.1 Морфология 17
1.1.3.2 Повторенная и анонимная ДНК 18
1.1.3.3 Гены 19
1.1.3.4 Эпигенетический статус 20
1.1.3.5 Транскрипция
1.1.4 Происхождение и эволюция 21
1.1.5 В-хромосомы в контексте других видов хромосомной нестабильности 24
1.2 Высокопроизводительное секвенирование (NGS) в исследованиях хромосом26
1.2.1 Развитие методов NGS 26
1.2.2 Биоинформатический анализ данных NGS
1.2.2.1 Сборка геномов de novo 29
1.2.2.2 Ресеквенирование полных геномов 30
1.2.2.3 Целевое ресеквенирование и транскриптомика 32
1.2.2.4 Безреференсные методы 33
1.2.2.5 Резюме 34
1.2.3 Анализ отдельных хромосом с применением NGS 34
Глава 2. Материалы и методы. 42
2.1 Методы молекулярной биологии и цитогенетики 42
2.2 Биоинформатические методы 43
2.2.1 Очистка прочтений, картирование, удаление загрязнения и поиск целевых районов 43
2.2.2 Нуклеотидные варианты в целевых районах 45
2.2.3 Анализ повторенных последовательностей 48
2.2.4 Функциональное обогащение наборов генов 48
Глава 3. Результаты и обсуждение. 49
3.1 Характеристика хромосомных библиотек 49
3.2 Разработка метода анализа данных высокопроизводительного секвенирования хромосомспецифичных библиотек 50
3.2.1 Проверка и очистка данных секвенирования 50
3.2.2 Выравнивание на референсный геном и удаление загрязнения человеческой ДНК 51
3.2.3 Идентификация целевых районов 53
3.2.4 Особенности и ограничения метода идентификации целевых районов 58
3.2.5 Обнаружение межхромосомной перестройки KIT у коровы 60
3.2.6 Анализ хромосомспецифичных нуклеотидных вариантов 61
3.2.7 Анализ повторенной ДНК 63
3.2.8 Резюме 66
3.3 Высокопроизводительное секвенирование и анализ В-хромосомных библиотек парнокопытных Capreolus pygargus и Mazama gouazoubira 67
3.3.1 Уникальные районы В-хромосом 67
3.3.2 Гены В-хромосом и обнаружение протоонкогенов KIT и RET у серого мазамы и хищных
3.3.3 Нуклеотидные варианты В-хромосом 75
3.3.4 Повторенная ДНК В-хромосом 78
3.3.5 Сравнение В-хромосом сибирской косули и серого мазамы 80
Заключение 81
Выводы 82
Список литературы 83
