Введение
Глава 1. Обзор литературы 15
1.1.Общая характеристика Streptococcus pneumoniae 15
1.2. Факторы вирулентности Streptococcus pneumoniae 17
1.2.1. Капсула 17
1.2.2. Прочие факторы вирулентости 18
1.3 Клиническое значение и эпидемиология S. pneumoniae 21
1.4. Генетическое разнообразие S. pneumoniae 23
1.5. Основные механизмы устойчивости к антибиотикам 24
1.5.1. Снижение проницаемости мембраны 24
1.5.2. Эффлюкс антибиотика 24
1.5.3. Инактивация антибактериальных агентов 24
1.5.4. Специфические механизмы устойчивости S. pneumoniae 25
1.5.5. Устойчивость к макролидам 25
1.5.6. Устойчивость к фторхинолонам 27
1.5.7 Устойчивость к бета-лактамам 27
1.6. Распространение глобальных клональных комплексов 32
1.7. Методы идентификации и типирования S. Pneumoniae 33
1.7.1 Методы, основанные на морфологических особенностях 33
1.7.2 Фенотипические методы 33
1.7.3 Серологический метод 34
1.8. Профилактика и лечение пневмококковых инфекций 35
1.8.1Антибиотикотерапия 36
1.8.2 Вакцинопрофилактика пневмококковых инфекций 37
1.9. Распределение серотипов в популяции S. pneumoniae в России. 43
1.10. Заключение по обзору литературы 45
Глава 2. Материалы и методы 47
2.1. Общий дизайн исследования 47
2.2. Микробиологические методы. 49
2.3. Молекулярные методы 51
2.4. Детекция генов ворсинок 56
2.5. Мультилокусное сиквенс-типирование 59
2.6. Полногеномное секвенирование 61
Результаты и обсуждение 64
Глава 3. Результаты оценки серотипиого состава S.pneumoniae, циркулирующих в Санкт-Петербурге 64
3.1. Серотиповый состав S. pneumoniae вызывающих острый отит у детей 64
3.2. Серотиповый состав S. pneumoniae, вызывающих внебольничную пневмонию 66
3.3. Серотиповый состав S. pneumoniae, выделенный у здоровых детей при носительстве 68
3.4. Заключение по главе 3 68
Глава 4. Результаты оценки уровня устойчивости S.pneumoniae к антибактериальным препаратам 72
4.1. Резистентность S. pneumoniae к бета-лактамным антибиотикам. 72
4.2. Резистентность к макролидам и линкозамидам 73
4.3. Антибиотикорезистентность среди изолятов S. pneumoniae, принадлежащих к различным серотипам. 77
4.4. Заключение по главе 4 79
Глава 5. Результаты оценки распространения ворсинок в популяции S.pneumoniae 86
5.1. Распространение ворсинок в популяции S. Pneumoniae 86
5.2. Заключение по главе 5 87
Глава 6. Результаты мультилокусного сиквенстипированя популяции S.pneumoniae 88
6.1. Мультилокусное сиквенстипирование популяции S. pneumoniae 88
6.2. Заключение по главе 6 92
Глава 7. Результаты полногеномного секвенирования S.pneumoniae 94
7.1. Полногеномное секвенирование популяции S. pneumoniae 94
7.2. Заключение по главе 7 98
Глава 8. Заключение 98
Выводы 101
Список литературы 103
Список работ, опубликованных по теме диссертации 131
Список использованных сокращений 134
