Введение
1. Обзор литературы 12
1.1. Род Agrobacterium/Rhizobium, физиологические и генетические свойства, таксономическое положение, разнообразие, основные представители–патогены растений 12
1.1.1. Систематическое положение Agrobacterium 12
1.1.2. Таксономическая внутриродовая структура Agrobacterium 15
1.1.3. Физиологические признаки Agrobacterium 17
1.1.4. Геном штаммов Agrobacterium 20
1.1.5. Вирулентность и распространение бактерий рода Agrobacterium 22
1.2. Этиология и экология заболеваний, вызываемых Agrobacterium 24
1.2.1. Плодовые и декоративные растения 24
1.2.2. Овощные культуры 25
1.2.3. Другие инфекционные и неинфекционные заболевания, сходные с бородатостью корней по симптомам 26
1.2.4. Молекулярный механизм трансформации растений и использование бактерий рода Agrobacterium в генной инженерии 27
1.2.5. Эволюция бактерий рода Agrobacterium с точки зрения возникновения новых патогенов 29
1.3. Растения–хозяева Agrobacterium spp.: огурец, розоцветные (роза и плодовые культуры, наиболее поражаемые патогенами) – ботаническая характеристика, физиология и особенности агротехники в гидропонной тепличной культуре 32
1.3.1. Огурец обыкновенный (лат. Cucumis sativus) 32
1.3.2. Розовые (Розоцветные) (лат. Rosaceae) 36
1.4. Пестициды с бактерицидным действием и средства биологической защиты растений от бактериозов 38
1.4.1. Химические бактерициды 42
1.4.2. Биологические препараты с бактерицидным действием 48
1.5. Методы диагностики болезней, вызываемых Agrobacterium 50
1.5.1. Фенотипические методы диагностики 51
1.5.2. Методы ДНК фингерпринтинга 52
1.5.3. Диагностика на основе полифазной систематики бактерий 55
2. Материалы и методы 57
2.1. Оценка распространенности заболеваний, вызванных Agrobacterium 57
2.2.Использованные штаммы фитопатогенных бактерий и бактерий–антагонистов. 58
2.2.1. Штаммы Agrobacterium 58
2.2.2. Коллекция штаммов фитопатогенных бактерий других видов 62
2.2.3. Коллекция штаммов бактерий–антагонистов 62
2.3. Методы определения фитопатогенов рода Agrobacterium в растениях, семенах, почве и воде 65
2.3.1. Техника изоляции и питательные среды 65
2.3.2. Оценка фенотипических признаков Agrobacterium 70
2.3.3. Основные дифференцирующие биохимические характеристики видов Agrobacterium 75
2.4. Методы определения патогенности Agrobacterium, инокуляции растений– хозяев, оценки развития болезни 77
2.5. Методы оценки эффективности средств химической и биологической защиты против фитопатогенов растений и Agrobacterium in vitro 78
2.5.1. Анализ бактерицидной активности бактерий–антагонистов 79
2.5.2. Анализ бактерицидной активности пестицидов и антибиотиков 80
2.6. Пробоподготовка для ПЦР и БИО–ПЦР диагностики возбудителя бородатости корней огурца и томата в гидропонной культуре, в воде и семенах растений 80
2.7. Молекулярно–генетические методы идентификации и оценки разнообразия популяции патогена 80
3. Результаты 87
3.1. Распространение фитопатогенных бактерий рода Agrobacterium в открытом и защищенном грунте в России 87
3.1.1. Распространение фитопатогенных бактерий рода Agrobacterium в открытом грунте в России 87
3.1.2. Встречаемость других бактерий в пораженных растениях 88
3.1.3 Распространение фитопатогенных бактерий рода Agrobacterium в защищенном грунте в России 94
3.2. Физиологическое и генетическое разнообразие возбудителей корончатого галла и бородатости корней в России 100
3.2.1. Изучение физиолого–биохимических особенностей Argobacterium 100
3.2.2. Изучение вирулентности и патогенности штаммов Agrobacterium 104
3.3.1. Анализ генетического разнообразия методом ПЦР фингерпринтинга 107
3.3.2.Изучение генетического разнообразия исследуемой коллекции Agrobacterium с помощью метода мультилокусного генотипирования (MLST) 112
3.4. Разработка метода ПЦР диагностики возбудителя бородатости корней огурца и томата в гидропонной культуре 127
3.4.1. Идентификация возбудителей бактериозов методом ПЦР 127
3.4.2. Пробоподготовка для ПЦР и БИО–ПЦР диагностики возбудителя бородатости корней огурца и томата в гидропонной культуре, в воде и семенах растений 129
3.5. Изучение бактерицидной активности бактерий–антагонистов, антибиотиков и химических пестицидов 131
3.6. Оценка эффективности средств химической и биологической защиты растений от возбудителей корончатого галла и бородатости корней и других бактериозов в производственных условиях 144
Заключение 150
Список литературы 153
