Введение
Глава 1. Обзор литературы 12
1.1 Мобильные генетические элементы эукариот 12
1.1.1 Определение 12
1.1.2 Влияние мобильных элементов на геном 12
1.2 Ретротранспозоны 14
1.2.1 LTR-ретротранспозоны 16
1.2.1.1 Структура LTR-ретротранспозонов 17
1.2.1.2 Жизненный цикл LTR-ретротранспозонов 19
1.2.1.3 Разнообразие и распространение LTR-ретротранспозонов 25
1.2.2 non-LTR-ретротранспозоны 28
1.2.2.1 Структура non-LTR-ретротранспозонов 29
1.2.2.2 Жизненный цикл non-LTR-ретротранспозонов 31
1.2.2.3 Разнообразие и распространение non-LTR-ретротранспозонов 35
1.2.3 Модульная эволюция ретротранспозонов 39
1.2.3.1 Домен рибонуклеазы H в эволюции ретротранспозонов 40
1.2.3.2 Модульная эволюция как конвергентная 42
1.3 Ретротранспозоны оомицетов и зеленых растений с доменом «архейной» рибонуклеазы 43
Глава 2. Материалы и методы 47
Базы данных и конкретные геномные последовательности, использованные для анализа 47
Компьютерный поиск ретротранспозонов с доменом «архейной» рибонуклеазы H в базе данных повторенных последовательностей Repbase Update 47
Компьютерный поиск последовательностей ретротранспозонов с доменом «архейной» рибонуклеазы H в геномных последовательностях зеленых растений и оомицетов 47
Компьютерный поиск последовательностей потенциальных клеточных генов рибонуклеаз H в геномных последовательностях зеленых растений и оомицетов Определение структуры ретротранспозонов с архейной рибонуклеазой H 49
Сравнительный и филогенетический анализы 49
Глава 3. Результаты и обсуждение 51
Разнообразие и распространение ретротранспозонов с доменом «архейной» рибонуклеазы H в геномах растений и оомицетов 51
Анализ разнообразия и распространения ретротранспозонов с доменов «архейной» рибонуклеазы H в базе данных Repbase Update 51
Анализ разнообразия и распространения ретротранспозонов с доменом «архейной» рибонуклеазы H в геномных последовательностях растений и оомицетов 52
Структурный и филогенетический анализы ретротранспозонов растений и оомицетов, содержащих домен «архейной» рибонуклеазы H 54
Структурный и филогенетический анализы LTR-ретротранспозонов растений и оомицетов 54
LTR-ретротранспозоны с доменом «архейной» рибонуклеазы H в геномах зеленых растений 55
LTR-ретротранспозоны с доменом «aрхейной» рибонуклеазы H в геномах оомицетов 58 Структурный и филогенетический анализы non-LTR-ретротранспозонов растений и оомицетов 59
Происхождение домена «архейной» рибонуклеазы H у ретротранспозонов растений и оомицетов 61
Разнообразие и филогенетический анализ последовательностей рибонуклеазы H оомицетов 61
Разнообразие и филогенетический анализ последовательностей рибонуклеазы H зеленых растений 66
Анализ структуры gRNH-aRNH у LTR-ретротранспозонов Chronos, Archon и Tat IV-VI 67
Конвергенция ретротранспозонов растений и оомицетов 71
Заключение 76
Выводы 78
Список литературы 80
Приложение 95
