Введение
ГЛАВА 1. Обзор литературы 10
1.1. Классификация и филогения в Triticeae 10
1.1.1. Гексаплоидная пшеница (Triticum aestivum L.) 12
1.1.2. Род Thinopyrum и его значения 14
1.1.3. Генетические отношения между пятью основными геномами St, E, A, B и D в Triticeae 20
1.2. Мобильные элементы 21
1.2.1. Типы, структуры и распределения ретротранспозонов в растениях 24
1.2.1.1. LTR ретротранспозоны группы Ty1/copia 25
1.2.1.2. LTR ретротранспозоны группы Ty3/gypsy 27
1.2.1.3. LINE 27
1.2.1.4. SINE
1.2.2. Филогении и транспозиционная деятельность Ty1/copia и Ty3/gypsy подгрупп ретротранспозонов в геномах зерновых 28
1.2.3. Активация ретротранспозонов стрессовыми факторами 30
1.2.4. Ретротранспозоны как мутагены 31
1.2.5. Тандемные повторы в растениях 32
1.3. Центромеры растений 34
1.3.1. Сателлитные повторы 38
1.3.2. Центромерные ретротранспозоны 40
1.3.3. Транскрипция центромерных повторов 41
1.3.4. Структура и организация центромерной ДНК 42
ГЛАВА 2. Материалы и методы 45
2.1. Растительный материал 45
2.2. Методы исследований
2.2.1. Выделение ДНК из растительного материала 46
2.2.2. ПЦР-анализ 47
2.2.3. ПЦР в реальном времени 47
2.2.4. Секвенирование и анализ нуклеотидных последовательностей 49
2.2.5. Биоинформационный анализ 50
2.2.6. Флуоресцентная и геномная гибридизация in situ (FISH, GISH) 2.2.6.1. Приготовление хромосомных препаратов 50
2.2.6.2. Флуоресцентная гибридизация in situ (FISH) 51
2.2.6.3. Геномная гибридизация in situ (GISH) 51
2.2.7. Кариотипирование 52
ГЛАВА 3. Результаты и обсуждение 53
3.1. Верификация объектов исследования 53
3.2. Ретротранспозоны 55
3.3. Центромерный Ty3/gypsy ретротранспозон
3.3.1. Выравнивание нуклеотидных последовательностей клонированных участков центромерных Ty3/gypsy ретротранспозонов 61
3.3.2. Филогенетический анализ 63
3.3.3. FISH локализация RT-CR на митотических хромосомах 65
3.3.4. ПЦР в реальном времени 73
3.4. Тандемные повторы 75
3.4.1. Повтор П720 77
3.4.2 Повтор П170 82
3.4.3. Повтор П332 87
3.4.4. Повтор П631 92
3.4.5. Повтор П523 98
3.4.6. Повтор П431 103
3.4.7. Повтор П496 108
3.5. Апробация выявленных тандемных повторов для идентификации чужеродных замещений в мягкой пшенице 111
3.5.1. Повтор П170 111
3.5.2. Повтор П631 112
Заключение 117
Выводы 120
Список литературы 123
