Введение
Глава 1. Обзор литературы 14
1.1 Вариации числа копий в геноме 14
1.1.1 Общее представление и типы CNVs 14
1.1.2 Механизмы формирования вариаций числа копий 17
1.1.2.1 Неаллельная гомологичная рекомбинация 17
1.1.2.2 Однонитевой отжиг 19
1.1.2.3 Репликативная негомологичная рекомбинация 21
1.1.2.4 Нерепликативная негомологичная рекомбинация 23
1.1.3 Изменение числа копий при шизофрении 26
1.2 Рибосомные гены эукариотических организмов 28
1.2.1 Рибосомные гены человека 29
1.2.2 Организация структуры ядрышка 34
1.2.3 Механизмы изменения и поддержания стабильного числа копий рибосомных генов 36
1.2.4 Нарушение транскрипции рибосомных генов при некоторых заболеваниях 41
1.2.4.1 Изменение транскрипции рибосомных генов при шизофрении 43
1.2.5 Вариации числа копий рибосомных генов в геноме человека 45
1.3 Митохондриальная ДНК 47
Глава 2. Материалы и методы 50
2.1. Выделение геномной ДНК из клеток крови 50
2.2. Определение концентрации ДНК 51
2.3. Нерадиоактивная количественная гибридизация 51
2.4. ПЦР в реальном времени 54
2.5. Статистические методы 56
Глава 3. Результаты и обсуждение 57
3.1. Сравнение методов ПЦР в реальном времени и количественной гибридизации для определения числа копий умеренно повторяющихся GC богатых последовательностей в геноме человека 57
3.1.1 Проблемы количественного определения GC-богатых повторов в составе потенциально поврежденных образцах ДНК 57
3.1.2 Анализ повторов мтДНК и рДНК методами гибридизации и ПЦР 59
3.1.3 Анализ количества рДНК и мтДНК в поврежденных образцах ДНК 62
3.2 Определение числа копий и уровня повреждения мтДНК и 45S рДНК в ДНК лейкоцитов периферической крови пациентов с шизофренией и контрольной группы 69
3.2.1 Описание выборок 69
3.2.2 Определение числа копий мтДНК в лейкоцитах крови больных шизофренией и контрольной выборок 70
3.2.3 Анализ вариабельности числа копий мтДНК в лейкоцитах крови контрольной выборки и выборки больных шизофренией 74
3.2.4 Уровень повреждения мтДНК 80
3.2.5 Обсуждение. Изменения мтДНК у больных шизофренией 84
3.2.6 Определение числа копий 45S рДНК в лейкоцитах крови больных шизофренией и контрольной выборок 88
3.2.7 Анализ вариабельности числа копий 45S рДНК в лейкоцитах крови контрольной выборки и выборки больных шизофренией 93
3.2.8 Уровень повреждения 45S рДНК 97
3.2.9 Обсуждение 103
3.3 Сравнительный анализ копийности и повреждения мтДНК и рДНК в ДНК лейкоцитов больных шизофренией и здоровых людей 106
3.3.1 Сравнительный анализ копийности мтДНК и рДНК в геноме человека 106
3.3.2 Сравнительный анализ повреждения мтДНК и рДНК 110
Заключение 113
Выводы 116
Применение результатов и научных выводов 117
Список работ, опубликованных автором по теме 118
Диссертации список цитируемой литературы 120
Благодарности 153
Приложение 154
