Введение
ГЛАВА 1 Обзор литературы 27
1.1 Общие сведения о туляремийном микробе 27
1.2 Таксономия и вирулентность рода FranciseНа 32
1.3 Лабораторная диагностика i7. tularensis 33
1.4 Внутривидовая дифференциация F. tularensis
1.4.1 Генотипирование F. tularensis 36
1.4.2 Генетические основы основных биохимических различий подвидов F. tularensis 47
1.5 Заключение по обзору литературы 59
Результаты исследований 62
Глава 2 Генотипирование штаммов туляремийного микроба 62
2.1 Генотипическая гетерогенность и географическое разнообразие штаммов F. tularensis из коллекции ГНЦ ПМБ по данным VNTR-типирования их ДНК по A. Johansson 62
2.2 Обнаружение F. tularensis subsp. mediasiatica на территории Российской Федерации
2.3 Определение минимального числа VNTR-локусов, позволяющего сохранить разрешающую способность MLVA 75
2.4 Обсуждение и выводы 76
ГЛАВА 3 Изучение генетических основ биохимических различий подвидов туляремийного микроба 77
3.1 Изучение генетических детерминант Р-лактамазной активности F. tularensis 77
3.1.1 Анализ распространененности генов Р-лактамаз и их последовательностей у штаммов разных подвидов F. tularensis 78
3.1.2 Изучение расположения генов Р-лактамаз в геноме штаммов разных подвидов F. tularensis 86
3.1.3 Изучение экспрессии генов Р-лактамаз в культурах F. tularensis штаммов 15 НИИЭГ и 120 Apur 89
3.1.4 Получение и оценка биологических свойств вариантов штамма і7, tularensis 15 НИИЭГ с инактивированными генами Р-лактамаз 89
3.1.5 Получение Ablal и АЫаЗ мутантові7, tularensis 15 НИИЭГ с помощью плазмиды pGM5 90
3.1.6 Получение плазмиды pGM6 91
3.1.7 Получение АЫа2 мутантові7, tularensis 15 НИИЭГ с помощью плазмиды pGM6 92
3.1.8 Оценка ростовых, патогенных и протективных свойств му-тантных шаммов 15АЬ1а2 и 15АЬ1а123 93
3.1.9 Изучение экспрессии мРНК в штаммах с инактивированными генами Р-лактамаз
3.1.10 Изучение чувствительности F. tularensis к антибиотикам класса Р-лактамов 95
3.1.11 Сравнение чувствительности к 3-лактамам штаммов F. tularensis в зависимости от подвидовой принадлежности 96
3.1.12 Определение чувствительности к антибиотикам штаммов F. tularensis с инактивированными генами Р-лактамаз 101
3.1.13 Комплементация чувствительности к ампициллину плазми-дами, несущими маркер ампициллин-резистентности 107
3.1.14 Изучение сравнительной Р-лактамазной активности F. tularensis subsp mediasiatica и holarctica 108
3.2 Изучение генетических основ цитруллинуреидазной активно сти і7, tularensis 116
3.2.1 Филогенетический анализ аминокислотных последовательностей гена цитруллинуреидазы у представителей рода Fransicella и гетерологичных микроорганизмов с помощью алгоритма UPGMA 117
3.2.2 Сравнение нуклеотидных последовательностей генов цитруллинуреидазы штаммов туляремийного микроба разных подвидов 119
3.2.3 Сравнение аминокислотных последовательностей генов цитруллинуреидазы штаммов туляремийного микроба разных подвидов 1 3.3 Выявление генетических особенностей, потенциально ответственных за устойчивость F. tularensis subsp. holarctica bv. II к эритромицину 126
3.4 Выявление генетических основ различной способности подвидов і7, tularensis к сбраживанию сахарозы 128
3.5 Применение ПЦР для идентификации F. tularensis и ее подви-довой дифференциации в смеси культур и клиническом материале 138
3.6 Изучение возможности одновременного применения прайме-ров комплементарных гену iglC с праймерами chifl в тест-системе для подвидовой идентификации F. tularensis 144
Заключение 146
Выводы 149
Перечень сокращений, условных обозначений, символов, Единиц и терминов 151
Список использованных источников 153
Список работ опубликованных по теме диссертации 1
