Введение
ГЛАВА 1. Обзор литературы 10
1.1. Особенности биологии Clonorchis sinensis 10
1.2. Ядерные и митохондриальные маркеры в генетических и филогенетических исследованиях эукариот 16
1.3. Исследование генетической изменчивости и филогенетических связей С. sinensis 21
ГЛАВА 2. Материалы и методы 32
2.1. Получение паразитологического материала 32
2.2. Получение геномной ДНК 33
2.3. Амплификация отдельных последовательностей ДНК 34
2.4. Определение нуклеотидной последовательности амплифицированных участков ДНК 35
2.5. Клонирование фрагмента ITS1 ядерной рДНК 36
2.6. Статистический анализ молекулярных данных
2.6.1. Обработка данных секвенирования 42
2.6.2. Реконструкция внутривидовых филогенетических связей 43
2.6.3. Анализ вторичной структуры транскриптов ITS1 и ITS2 ядерной рДНК 44
2.6.4. Анализ предполагаемой молекулярной организации первой субъединицы белка цитохром ооксидазы мтДНК 44
ГЛАВА 3. Результаты 45
3.1. Анализ полноразмерной последовательности участка ITS1-5.8S-ITS2 ядерной рДНК 45
3.1.1. Нуклеотидные последовательности участка 5.8S-ITS2 рДНК и вторичная структура транскриптов ITS2 45
3.1.2. Нуклеотидная изменчивость ITS1 рДНК и вторичная структура транскриптов ITS1 з
3.1.3. Внутривидовые филогенетические отношения по данным изменчивости полной последовательности ITS 1 рДНК 61
3.2. Анализ частичной последовательности ITS 1 ядерной рДНК 65
3.2.1. Нуклеотидная изменчивость частичной последовательности участка ITS1 65
3.2.2. Внутривидовые филогенетические отношения частичной последовательности ITS1 рДНК 72
3.3. Генетическая изменчивость полноразмерной последовательности гена coxl мтДНК 76
3.3.1. Анализ нуклеотидных последовательностей гена coxl 76
3.3.2. Анализ внутривидовых филогенетических отношений по данным изменчивости гена coxl мтДНК 85
3.3.3. Историко-демографический анализ популяций С. sinensis по данным изменчивости гена coxl мтДНК 89
3.4. Генетическая изменчивость частичной последовательности гена coxl мтДНК 91
3.4.1. Анализ частичных нуклеотидных последовательностей гена coxl 91
3.4.2. Внутривидовая филогения и филогеография С. sinensis по данным изменчивости фрагмента гена coxl мтДНК 97
3.4.3. Историко-демографический анализ популяций С. sinensis по данным изменчивости частичных последовательностей гена coxl мтДНК 99
ГЛАВА 4. Обсуждение 103
4.1. Генетическая изменчивость ядерного маркера ITS1-5.8S-ITS2 рДНК 103
4.2. Генетическая изменчивость последовательностей гена coxl мтДНК 109
Выводы 121
Список литературы 1
