Введение
1.Обзор литературы 9
1.1. CTCF-многофункциональный высококонсервативный транскрипционный фактор 9
1.2. Функциональные свойства CTCF
1.2.1. Сайт связывания CTCF 10
1.2.2. Взаимодействие CTCF с ДНК 11
1.2.3. Влияние метилирования CpG ДНК на связывание CTCF 13
1.2.4.Взаимодействие CTCF с белками 14
1.3. Роль транскрипционного фактора CTCF в регуляции ДНК зависимых процессов 15
1.3.1. Гипотеза функциональных доменов хроматина. Инсуляторы 16
1.3.2. Блокирование энхансера 20
1.3.3. Инсулятор как пограничный элемент 22
1.3.4. CTCF как регулятор транскрипции 23
1.3.5. Участие белка CTCF в импринтинге генетической информации 25
1.3.6. CTCF и инактивация Х-хромосомы 26
1.3.7. Котранскрипционная регуляция альтернативного сплайсинга.. 28
2. Материалы и методы 29
2.1. Материалы 29
2.2. Методы 35
3. Результаты и обсуждение 56
3.1. Выявление фрагментов -глобинового локуса кур, способных связывать белок CTCF, методом двумерного EMSA 56
3.1.1. Получение и функциональный анализ фракции, обогащенной куриным белком CTCF. 57
3.1.2. Получение библиотеки CTCF-связывающих последовательностей -глобинового локуса. Их идентификация и картирование 67
3.1.3. Выявление среди отобранных в результате двумерного EMSA фрагментов ДНК, последовательностей, способных связывать CTCF in vivo
3.2. Полногеномное выявление связывающих белок CTCF нуклеотидных последовательностей методом ChIP-seq 84
3.2.1.Снижение занятости белком CTCF-связывающих областей при индукции дифференцировки клеток HD3 87
3.2.2. Расположение сайтов связывания CTCF в -глобиновом локусе кур 88
3.2.3. Оценка тканеспецифичности связывания CTCF 89
3.2.4. Сравнение результатов ChIP-seq анализа для взрослых и эмбриональных куриных клеток 90
3.2.5. Сравнение результатов поиска участков генома, связывающих CTCF in vitro и in vivo 92
Заключение и выводы 98
Заключение 98
Выводы 98
Список сокращений 100
Список литературы 102
