Введение
ГЛАВА 1 Обзор литературы 14
1.1 Молекулярно-генетические маркеры в онкологии 14
1.2 Методы поиска онкомаркеров
1.2.1 Транскрипционный анализ 18
1.2.2 Протеомные методы 23
1.2.3 Пептидомика 25
1.2.4 Семейства онкомаркеров 26
1.2.5 Анализ микроокружения
1.3 Онкомаркеры в клинической практике 28
1.4 Характеристика рака желудка
1.4.1 Факторы риска развития рака желудка 33
1.4.2 Гистологическая классификация злокачественных новообразований желудка 37
1.4.3 Молекулярно-генетические особенности различных гистологических типов аденокарциномы желудка 39
1.4.4 Онкомаркеры при раке желудка 44
ГЛАВА 2 Материалы и методы исследования 50
2.1 Биоинформатический поиск 50
2.1.1 Поиск молекулярных маркеров РЖ с использованием баз данных микроРНК 50
2.1.2 Поиск молекулярных маркеров РЖ с использованием баз данных мРНК 2.2 Характеристика материала исследования 55
2.3 Оценка экспрессии генов 58
2.4 Статистическая обработка результатов 60
2.5 Получение моноклональных антител к белку РМЕРА1 60
2.6 Иммуноблотинг 61
2.7 Иммуногистохимическое исследование 62
2.8 Клонирование генаРМЕРАІ в экспрессионный вектор 64
2.9 Иммуноцитохимическое исследование 64
ГЛАВА 3 Результаты исследований и их обсуждение 67
3.1 Поиск молекулярных маркеров РЖ с использованием
баз данных мРНК и микроРНК 67
3.2 Подтверждение дифференциальной экспрессии генов WNT4, FGF12, EFEMP1, SPARC, SULF1, РМЕРА1, CTGFKHSPG2 методом ОТ-ПЦР 74
3.3 Оценка прогностической значимости транскрипционного уровня выявленных генов 83
3.4 Сравнительная оценка прогностической значимости генной экспрессии и тестирования кодируемого белкового продукта на примере циклофиллина ... 92
3.5 Получение моноклональных антител (мкАТ) к белку РМЕРА1 и тестирование их специфичности 98
3.6. Оценка прогностической значимости белковой экспрессии гена РМЕРАІ 105
Заключение 108
Выводы 118
Список используемой литературы
