Введение
1. Введение 4
1.1. Актуальность темы 4
1.2. Цели и задачи работы 6
1.3. Научная новизна 7
1.4. Практическая значимость 8
1.5. Апробация работы 8
2. Обзор литературы 9
2.1. Мембранные белки 9
2.2. Эволюция мембранных белков 10
2.3. Важность трансмембранных белков 11
2.4. Классификация трансмембранных белков по Сайеру 11
2.5. Кристаллизация мембранных белков 15
2.6. Вторичная структура мембранных альфа-спиральных белков 17
2.7. Скрытые марковские модели 21
2.8. Матрицы замен 33
2.9. Сравнение структур мембран бактерий и эукариот 41
2.10. Использование НММ для разметки мембранных альфа-спиральных сегментов 42
2.11. Позиции, определяющие специфичность 45
3. Эволюционные особенности аминокислотных последовательностей мембранных белков бактерий и эукариот 46
3.1. Методы 50
3.1.1. Основная выборка (бактериальные транспортеры) 50
3.1.2. Кластеризация и выравнивание 51
3.1.3. Определение мембранных ядер 53
3.1.4. Построение матриц частот замен 56
3.1.5. Контрольные выборки 57
3.2. Обсуждение результатов 58
3.2.1. Мембранные сегменты и ТМ-ядра основной выборки 58
3.2.2. Аминокислотный состав ТМ-ядер основной выборки 59
3.2.3. Внутренняя согласованность матриц серии BATMAS 62
3.2.4. Сравнение матриц 67
3.2.5. Свойства матрицы BATMAS30 68
3.2.6. Функциональная схожесть аминокислот в ТМ-ядрах 72
3.3. Подведение итогов 73
4. Предсказание вторичной структуры мембранных белков 75
4.1. Методы 78
4.1.1. Построение тестовой выборки 80
4.1.2. Построение достоверной мембранной разметки 81
4.1.3. Методы предсказания мембранной разметки по выравниванию 82
4.1.4. Оценка качества работы метода ТМНММ 83
4.1.5. Оценка качества предсказания 84
4.2. Обсуждение результатов 84
4.3. Использование метода FWDBCK в качестве модуля алгоритма SDPPred 86
5. Канальная ориентация спиралей мембранных белков 89
5.1. Методы 90
5.1.1. Позиционная корреляция для групп аминокислот 90
5.1.2. Аминокислотные веса склонности смотреть в канал 93
5.1.3. Канальный момент 94
5.2. Результаты 95
6. Предсказание и анализ трансмембранных сегментов каналов семейства МІР 96
6.1. Описание процедур и алгоритмов 100
6.2. Результаты 102
Выводы 103
Список литературы 104
