Введение
ГЛАВА 1. Обзор литературы 7
1.1. Сравнительный анализ геномов (сравнительная геномика) 7
1.2. Информационные ресурсы геномных баз данных 10
1.3. Функциональные элементы генома 11
1.4. Основные вопросы, решаемые сравнительной геномикой 12
1.5. Задача поиска гомологии 13
1.6. Простейшие алгоритмы поиска гомологии 14
1.6.1. Точечные матрицы гомологии 15
1.6.2. Поиск общего слова 1 б
1.6.3. Метод J-граммного разложения 16
1.6.4. Позиционные деревья 17
1.7. Задача выравнивания 19
1.7.1. Метод динамического программирования 19
1.7.2. Локальное выравнивание 22
1.8. Методы построения выравниваний, используемые в современном программном обеспечении 24
1.9. Оценка статистической значимости локальных сходств 26
ГЛАВА 2. Иерархический подход к построению цепочек локальных сходств 30
2.1. Неформальный обзор подхода к разрешению конфликтов 32
2.2. Обозначения 36
2.2.1. Локальные сходства 3 7
2.2.2. Цепочка локальных сходств 37
2.2.3. Качество локального сходства 38
2.2.4. Достоверность индивидуального сходства и цепочки сходств 38
2.2.5. Сравнение множеств сходств 40
2.2.6. Основная цепочка 40
2.3. Алгоритмы 40
2.3.1. Алгоритм Fractal 41
2.3.2. Краткий обзор алгоритмов Chain и Chain Basic 44
2.4. Примеры 45
2.5. Заключение 46
ГЛАВА 3. Анализ сходства 142 пар ортологичных межгенных интервалов в геномах Caenorhabditis elegans и Caenorhabditis briggsae 49
3.1. Критерии отбора межгенных интервалов 50
3.2. Построение выборки филогенетических следов 52
3.3. Результаты 53
3.3.1. Селективное ограничение 58
3.3.2. Распределение филогенетических следов 60
3.4. Обсуждение 64
ГЛАВА 4. Селективное ограничение в межгенных интервалах геномов мыши человека 71
4.1. Материалы и методы 72
4.2. Результаты 73
4.3.1. Сходство и селективное ограничение 75
4.3.2. Распределение филогенетических следов 77
4.3. Обсуждение 79
Список литературы 81
