Введение
Литературный обзор 9
Часть 1. Характеристика нуклеозидфосфорилаз из различных видов организмов 9
1. Введение 9
2.1. Нуклеозидфосфорилазы, мономер которых состоит из одного домена 12
2.1.1. Общая характеристика 12
2.1.2. Аминокислотные последовательности 15
2.1.3. Рентгеноструктурные исследования 19
2.1.4. Активный центр 23
2.2. Нуклеозидфосфорилазы, мономер которых состоит из двух доменов 30
2.2.1. Общая характеристика 30
2.2.2. Аминокислотные последовательности 34
2.2.3. Рентгеноструктурные исследования 36
2.2.4 Активный центр 39
3. Заключение 42
Часть 2. Методы кристаллизации белков 44
1. Введение 44
2.1. Кристаллизация в объеме 46
2.2. Кристаллизация диализом 47
2.3. Кристаллизация методом диффузии паров растворителя 48
2.4. Кристаллизация на подложке 50
2.5. Кристаллизация в геле 51
2.6. Кристаллизация в невесомости 53
2.7. Кристаллизация в центрифуге 56
3. Автоматизация экспериментов по кристаллизации 57
Экспериментальная часть 59
1. Материалы 59
1.1. Химические материалы 59
1.2. Биологические материалы 59
2. Методы 59
2.1. Выделение и очистка уридинфосфорилазы Salmonella typhimurium 59
2.2. Кристаллизация уридинфосфорилазы S. typhimurium 62
2.3. Кристаллизация уридинфосфорилазы S. typhimurium в комплексе с аналогами субстратов 63
2.4. Получение наборов дифракционных данных 64
2.5. Определение структуры уридинфосфорилазы S. typhimurium 66
2.6. Определение структуры уридинфосфорилазы S. typhimurium вкомплексес аналогами субстратов 70
2.6.1. Комплекс уридинфосфорилазы S. typhimurium с урацилом и ионом сульфата 70
2.6.2. Комплекс уридинфосфорилазы S. typhimurium с уридин- 5-монофосфатом и ионом сульфата 71
Результаты и их обсуждение 72
1. Получение гомогенного препарата уридинфосфорилазы S. typhimurium 73
2. Кристаллизация уридинфосфорилазы 5. typhimurium 76
3. Кристаллизация уридинфосфорилазы S. typhimurium в комплексе с аналогами субстратов 77
4. Сбор дифракционных данных с кристаллов уридинфосфорилазы S. typhimurium и определение пространственной структуры фермента 79
5. Структуры уридинфосфорилазы S. typhimurium 82
6. Активный центр фермента 87
6.1. Место связывания урацила 90
6.2. Место связывания иона фосфата 92
6.3. Место связывания рибозы 93
5. Выводы 95
6. Список литературы 96
Благодарности 110
