Введение
ГЛАВА 1 Обзор литературы 21
1.1 Современные представления о диффузной B-крупноклеточной лимфоме 21
1.1.1 Общие сведения о диффузной В-крупноклеточной лимфоме 21
1.1.2 Ритуксимаб и его место в терапии диффузной В-крупноклеточной лимфомы 26
1.1.3 Факторы прогноза при диффузной В-крупноклеточной лимфоме в
эру ритуксимаба 29
1.1.3.1 Клинические прогностические факторы 29
1.1.3.2 Лабораторно-инструментальные факторы прогноза 31
1.1.3.3 Биологические факторы прогноза 33
1.2 Современные представления о роли гена ТР53 в лимфоиднойткани... 36
1.2.1 Генетическая нестабильность, как часть нормального развития В-клеток 36
1.2.2 Структура гена ТР53 38
1.2.3 Структура и функции белка р53 в В-лимфоцитах 39
1.2.4 Значение нарушения функции ТР53 в лимфомогенезе 42
1.2.5 Возможные механизмы формирования дефицита функции гена ТР53 при неходжкинских лимфомах 44
1.2.6 Дисфункция гена ТР53, вызванная нарушениями на уровне ДНК 47
1.2.6.1 Мутантный статус гена ТР53 при диффузной В-крупноклеточной лимфоме 47
1.2.6.1.1 Последствия мутаций в кодирующей последовательности гена ТР53 47
1.2.6.1.2 Частота и значение мутаций в гене ТР53 при диффузной В-крупноклеточной лимфоме 49
1.2.6.1.3 Значение мутаций в интронных и нетранслируемых последовательностей гена ТР53 52
1.2.6.1.4 Методологические аспекты выявления мутаций в гене ТР53 54
1.2.6.2 Аллельный дисбаланс в гене ТР53 56
1.2.6.2.1 Значение потери гетерозиготности в гене ТР53 при неходжкинских лимфомах 56
1.2.6.2.2 Микросателлитная нестабильность и потеря гетерозиготности в гене ТР53 при неходжкинских лимфомах 60
1.2.6.2.3 Методологические аспекты анализа микросателлитных маркеров для выявления потери гетерозиготности в гене ТР53 66
1.2.6.3 Метилирование промотора гена ТР53 67
1.2.6.3.1 Значение метилирования промотора гена ТР53 при неходжкинских лимфомах 67
1.2.6.3.2 Методологические аспекты анализа статуса метилирования гена ТР53 69
1.2.6.4 Общая характеристика полиморфной структуры гена ТР53 70
1.2.6.4.1 Краткая характеристика rs1042522 гена ТР53 74
1.2.6.4.2 Предиктивное и прогностическое значение rs1042522 гена ТР53 при опухолях 77
1.2.6.4.3 Функционально-значимые интронные полиморфизмы гена ТР53 79
1.2.6.4.3.1 Значение rs17878362 гена ТР53 при новообразованиях человека 80
1.2.6.4.3.2 Значение rs1625895 гена ТР53 при злокачественных новообразованиях 82
1.2.6.4.4 Понятие о гаплотипной структуре гена ТР53 83
1.2.6.4.5 Значение гаплотипной структуры гена ТР53 в онкогенезе 86
ГЛАВА 2 Материал и методы исследования 90
2.1 Общая характеристика группы обследованных больных 90
2.2 Методы клинического, лабораторного и инструментального обследования 97
2.3 Специальные методы исследования 101
2.3.1 Выделение ДНК из лейкоцитов цельной венозной крови больных лимфомами 101
2.3.2 Выделение ДНК из парафинизированных блоков опухолевой ткани больных диффузной В-крупноклеточной лимфомой 101
2.3.3 Выявление мутаций в последовательности гена ТР53 методом прямого секвенирования по Сенгеру 103
2.3.4 Генотипирование rs78378222 в 3/-нетранслируемой последовательности гена TP53 104
2.3.5 Оценка потери гетерозиготности в гене ТР53 по микросателлитному локусу D17S796 105
2.3.6 Оценка метилирования промотора гена ТР53 методом метилспецифической полимеразной цепной реакции 107
2.3.6.1 Бисульфитная конверсия ДНК 107
2.3.6.2 Метил-специфическая полимеразная цепная реакция
2.3.7 Анализ функционально-значимых полиморфизмов гена ТР53 108
2.3.8 Анализ гаплотипов гена ТР53 112
2.4 Статистические методы исследования 113
ГЛАВА 3 Результаты собственного исследования. значение маркеров rs1042522, rs17878362 и rs1625895 гена тр53 при диффузной в-крупноклеточной лимфоме 116
3.1 Частота rs1042522, rs17878362 и rs1625895 гена ТР53 в обследованной группе больных диффузной В-крупноклеточной лимфомой 117
3.2 Структура неравновесия по сцеплению между rs1042522, rs17878362 и rs1625895 гена ТР53 118
3.3 Значение маркеров rs1042522, rs17878362 и rs1625895 гена ТР53 в предрасположенности к развитию диффузной В-крупноклеточной лимфомы 120
3.4 Маркеры гена ТР53 и особенности клинического течения диффузной В-крупноклеточной лимфомы 124
3.5 Ассоциация маркеров гена ТР53 с эффективностью терапии первой линии больных диффузной В-крупноклеточной лимфомой 129
3.5.1 Непосредственные результаты терапии пациентов с диффузной В-крупноклеточной лимфомой группы исследования 129
3.5.2 Отдаленные результаты терапии в группе больных диффузной В-крупноклеточной лимфомой 132
3.5.3 Прогностическое значение Международного прогностического индекса в исследуемой группе больных диффузной В-крупноклеточной лимфомой 138
3.5.4 Эффективность терапии первой линии в группах больных диффузной В-крупноклеточной лимфомой в зависимости от rs17878362,
rs1042522 и rs1625895 гена ТР53 146
3.5.5 Предикторы скорости ответа на терапию в группе исследования 148
3.5.6 Отдаленные результаты терапии в группе больных диффузной В-крупноклеточной лимфомой в зависимости от rs17878362, rs1042522 и rs1625895 гена ТР53 154
3.5.7 Предикторы общей выживаемости в исследованной группе больных диффузной В-крупноклеточной лимфомой 162
3.5.8 Предикторы бессобытийной выживаемости и безрецидивной выживаемости в исследованной группе больных диффузной В-крупноклеточной лимфомой 169
3.5.9 Гаплотипы гена ТР53 и эффективность терапии больных диффузной В-крупноклеточной лимфомой группы исследования 178
ГЛАВА 4 Анализ мутаций в гене тр53 в опухолевой ткани больных диффузной в-крупноклеточной лимфомой 186
4.1 Общая характеристика результатов секвенирования 186
4.2 Характеристика мутаций в кодирующей последовательности гена ТР53 188
4.3 Характеристика интронных мутаций в гене ТР53 200
4.4 Анализ биологической значимости выявленных в гене ТР53 мутаций 202
4.5 Сравнение выявленного спектра мутаций в гене ТР53 со спектром мутаций, представленных в информационных базах данных 206
ГЛАВА 5 Анализ аллельного дисбаланса и метилирования промотора гена тр53 у больных диффузной в-крупноклеточной лимфомой 212
5.1 Изучение статуса метилирования промотора гена ТР53 212
5.2 Анализ потери гетерозиготности в гене ТР53 213
ГЛАВА 6 Значение rs78378222 гена тр53 при диффузной в-крупноклеточной лимфоме 215
6.1 Выявление rs78378222 гена ТР53 в опухолевой ткани больных диффузной В-крупноклеточной лимфомой 216
6.2 Частота rs78378222 гена ТР53 в обследованной группе больных ДВККЛ и контрольной выборке 220
ГЛАВА 7 Комплексный анализ молекулярно-генетических нарушений в гене тр53 в опухолевой ткани диффузной в-крупноклеточной лимфомы 223
7.1 Статус гена ТР53 в опухолевой ткани больных диффузной
В-крупноклеточной лимфомой 223
ГЛАВА 8 Клиническое значение нарушений в гене тр53 в опухолевой ткани диффузной в-крупноклеточной лимфомы 229
8.1 Молекулярно-генетические нарушения в гене ТР53 в опухолевой ткани диффузной В-крупноклеточной лимфомы и особенности клинического течения заболевания 229
8.2 Нарушения в гене ТР53 в опухолевой ткани диффузной В-крупноклеточной лимфомы и эффективность терапии больных анализируемой группы 233
8.3 Значение нарушений в гене ТР53 в опухолевой ткани диффузной В-крупноклеточной лимфомы в группе, не включающей прогностически неблагоприятные клинические варианты заболевания 238
8.4 Клиническое значение сочетанных нарушений в гене ТР53 в опухолевой ткани больных диффузной В-крупноклеточной лимфомой 252
ГЛАВА 9 Обсуждение результатов собственного исследования 261
Заключение 306
Выводы 307
Практические рекомендации 310
Список сокращений и условных
Обозначений 311
Список литературы
