СПИСОК ИСПОЛЬЗУЕМЫХ СОКРАЩЕНИЙ.................................. 4
ВВЕДЕНИЕ .................................................................................................. 6
1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ ....................................................................... 13
1.1 Особенности сериновых протеаз семейства S9 ............................. 13
1.2 Подсемейства пролилолигопептидаз .............................................. 15
1.2.1 Эндопептидазы семейства S9А..................................................... 15
1.2.2. Пептидазы семейства S9B ............................................................ 20
1.2.3 Ациламиноацилпептидаза семейства S9C................................... 24
1.2.4. Глутамилэндопептидаза семейства S9D ..................................... 25
1.3. Многообразие биологических и патофизиологических функций
пролилолигопептидаз......................................................................................... 26
1.3.1. Функциональные аспекты и патогенная роль OpB из
паразитических простейших............................................................................. 31
1.4. Олигопептидаза В - наименее изученный представитель
семейства пролилолигопептидаз ..................................................................... 36
1.4.1. Структурно-функциональные особенности OpB....................... 38
2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ. ........................................................... 44
3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЯ ................................................ 58
3.1 Cтруктурные исследования PSP, её мутантов и комплексов
методом РСА. ....................................................................................................... 58
3.1.1 Поиск условий, способствующих кристаллизации PSP, методом
дифференциальной сканирующей флуориметрии. ........................................ 59
3.1.2 Характеристика мутантных вариантов PSP, используемых в
рентгеноструктурных экспериментах.............................................................. 61
3.1.3. Сравнение кристаллических структур PSPmod и её
производных между собой и со структурой PSP-S532А............................... 66
3.1.4 Общая топология белка в кристаллических структурах PSPmod
и PSP-S532A. ...................................................................................................... 69
3.1.5. Каталитическая триада в кристаллических структурах PSPmod
и PSP-S532A ....................................................................................................... 75
3
3.1.6. Конформация белка в кристаллических структурах PSPmod и
PSP-S532A .......................................................................................................... 76
3.1.7 Сравнительный анализ кристаллических структур PSP и
PSPmod в комплексе с ингибитором Nα-p-тозил-лизилхлорметилкетоном80
3.1.8. Изучение конформации PSP и PSPmod в растворе, а также роли
спермина методом МУРР.................................................................................. 83
3.1.9 Сравнительный структурный анализ PSP и TbOpB в разных
конформациях: стабилизация каталитических триад в закрытой
конформации у бактериальных и протозойных OpB..................................... 85
3.2. Встречаемость консервативного у протозойных OpB солевого
мостика (СМ1) в бактериальных OpB............................................................ 95
3.2.1 Стабилизация каталитической триады в моделях PSP- и TbOpBподобных олигопептидаз В, построенных с помощью программы
AlphaFold2 .......................................................................................................... 99
ВЫВОДЫ.................................................................................................. 103
СПИСОК ИСТОЧНИКОВ.................................................................... 104
