Введение
ГЛАВА І. Структурные основы механизм активности аспартатных протеиназ (литературный обзор) 7
1.1. Аспартатные протеиназы. Основные характеристики различных представителей этого класса ферментов
1.1.1. Аминокислотный состав и сравнительный анализ первичных структур 8
1.1.2. Сравнительная характеристика пространственных структур 9
1.1.3. Некоторые представления об эволюционном развитии ферментов этого класса на основе сведений об их трехмерной структуре 17
1.2. Общие представления о строении активного центра аспартатных протеиназ 21
1.2.1. Специфические ингибиторы 22
1.2.2. Каталитически активные остатки 26
1.3. Структурные особенности изменения протеолити-ческой активности аспартатных протеиназ при различных химических модификациях функционально важных групп фермента 28
1.4. Специфичность аспартатных протеиназ 36
1.5. Рентгеноструктурные подходы к выяснению механизма действия аспартатных протеиназ 42
1.5.1. Изучение фермент-субстратных взаимодействий на основе исследований комплексов с ингибиторами и модельных построений с гипотетическими субстратами 42
1.5.2. Конформационная подвижность некоторых сегментов молекул аспартатных протеиназ
1.5.3. Некоторые представления о возможных механизмах действия аспартатных протеиназ 48
ГЛАВА II. Экспериментальная часть 52
2.1. Получение необходимого набора фаз для расчета разностных синтезов Фурье 52
2.1.1. Поиски новых тяжелоатомных производных пепсина 52
2.1.2. Получение трехмерного набора рентгеновских дифракционных данных для производного пепсина с соединением Pt (hi%)2 (лг 60
2.1.3. Определение координат тяжелых атомов для производного пепсина с соединением Финальный синтез Зурье пепсина, рассчитанный по фазам, полученным методом изоморфных замещений . 69
2.2. Получение рентгеновских экспериментальных данных для кристаллов комплексов пепсина с различными ингибиторами 72
2.2.1. Получение комплексов пепсина с соединениями: пара-бромфеноцилбромидом, 1,2-
эпокси-3-пара-изофеноксипропаном (Э1Ш1), метиловым эфиром дииод~-тирозил-дииодгирозина (ТирІ2~ТирІ2~0Ме), метиловым эфиром фенилаланил-дииод-^рирозина (Фен-Тир12-0Ме) 72
2.2.2. Сбор рентгеновских дифракционных данных для кристаллов комплексов пепсина с ингибиторами. Построение разностных синтезов Фурье 74
ГЛАВА III. Активный центр и сравнение его с другими активными центрами аспартатных протеиназ 78
3.1. Описание структуры активного центра пепсина 78
3.2. Сравнение структур активных центров пепсина и аспартатных цротеиназ из Rkisopus Ckuiensis и Penlciltum Jantineftum . 83
3.3. Связывание этанола в активном центре пепсина 88
ГЛАВА ІV. Рентгеноструктурные исследовании комплексов пепсина с ингибиторами 93
4.1. Интерпретация разностных синтезов электронной плотности, рассчитанных по фазам, полученным методом изоморфных.замещений, для комплексов пепсина с ингибиторами 93
4.1.1. Комплексы пепсина с ЭПИП, п-бромфено-цилбромидом, ТирІ2-ТирІ2~0Ме 93
4.1.2. Комплексы пепсина с Фен-Тир-ОМе 96
4.2. Использование уточненных фаз для построения разностного синтеза электронной плотности ингибитора и уточнение модели ингибитора в молекуле пепсина 102
ГЛАВА V. Структурные аспекты ингибирования пепсина малыми молекулами и изменения его каталитических свойств в зависимости от длины субстрата 109
5.1. Ингибирувдие свойства этанола 109
5.2. Структурные особенности строения первичных мест связывания аспартатных протеиназ, определяющие их каталитические свойства по отношению к дипептидным субстратам 115
5.3. Структурные аспекты изменения каталитических свойств пепсина в зависимости от длины субстрата 121
Выводы 125
Литература 127
