Введение
Глава 1. Обзор литературы. 12
1.1. Экология орбивирусов и их значение в инфекционной патологии человека 12
1.2. Молекулярно-генетическая характеристика рода Orbivirus 15
1.3. Отношение вируса Кемерово к группе вируса Грэйт-Айленд (GIV) 17
1.4. Общие сведения о вирусе Кемерово 22
1.5. Эпидемиология лихорадки Кемерово
1.6. Методические подходы, используемые при расшифровке геномов реовирусов de novo 26
1.7. Метод ПЦР в реальном времени как «золотой стандарт» молекулярной диагностики инфекционных заболеваний 26
1.8. Заключение 29
Собственные исследования
Глава 2. Материалы и методы исследования 32
2.1. Общая характеристика организации, материалов и методов исследования 2.2. Расшифровка полного генома вируса Кемерово 35
2.3. Разработка методики выявления РНК вируса Кемерово на основе ОТ-ПЦР в реальном времени 35
2.4. Молекулярно-генетическая оценка взаимоотношений вируса Кемерово с другими вирусами группы Грейт-Айленд 40
2.5. Изучение циркуляции вируса Кемерово на территории Российской Федерации 46
2.5.1. Определение видовой принадлежности клещей 46
2.5.2. Исследование зараженности иксодовых клещей вирусом Кемерово 48
2.5.3. Получение протяженного фрагмента первичной нуклеотидной последовательности вируса Кемерово з
2.5.4. Оценка наличия сероконверсии у лиц с лихорадочными состояниями, возникшими после присасывания клеща 49
Глава 3. Особенности ситуации по инфекциям, передаваемым клещами на территории Российской Федерации 52
3.1. Заболеваемость населения ИПК и ее структура на отдельных территориях Российской Федерации 52
3.2. Диагностика ИПК как основа эпидемиологического надзора 63
3.2.1. Мониторинг численности, видовой структуры и зараженности переносчиков 63
3.2.2. Диагностика ИПК среди населения 67
Глава 4. Разработка методики выявления РНК вируса Кемерово методом ОТ-ПЦР в реальном времени на основе расшифровки генома штамма21/10 69
4.1.Результаты расшифровки полного генома вируса Кемерово 69
4.2. Характеристика методики выявления РНК вируса Кемерово на основе метода ОТ-ПЦР в реальном времени 71
4.3.Аналитические свойства диагностической системы 72
Глава 5. Молекулярно-генетическая оценка взаимоотношений вируса Кемерово с другими вирусами группы Грейт-Айленд 76
5.1. Сравнительное описание основных характеристик генома вируса Кемерово, штамм 21/10 76
5.2. Результаты филогенетического анализа 82
Глава 6. Изучение циркуляции вируса Кемерово на территории Российской Федерации 86
6.1. Результаты исследования зараженности иксодовых клещей 86
6.2. Валидизация полученных результатов 91
6.3.Оценка наличия сероконверсии у лиц с лихорадочными состояниями, возникшими после присасывания клеща 95
Заключение 98
Выводы 101
Практические рекомендации 101
Список сокращений 103
Список литературы
