Введение
РАЗДЕЛ 1. Обзор литературы 16
ГЛАВА 1. Классификация и строение вируса гриппа 16
1.1 Структура вириона вируса гриппа 17
ГЛАВА 2. Характеристика вируса гриппа А(H3N2) 20
2.1 История вируса гриппа А(H3N2) .20
2.2.Антигенная характеристика вируса гриппа A(H3N2) в период c 2003 по 2013 гг, циркулировавших в мире 22
2.3. Антигенная характеристика вируса гриппа A(H3N2) в период c 2003 по 2013 гг, циркулировавших в РФ .24
2.4. Молекулярно-генетическое строение НА, NA и М-белка вируса гриппа А(H3N2) 25
2.4.1. Структура белка НА .25
2.4.2. Структура белка NА 27
2.4.3. Структура М-белка 29
2.5. Изменения в последовательностях НА и их влияние на свойства штаммов вируса гриппа А(H3N2), циркулировавших в мире с 2003 по 2013 гг 30
2.6. Изменения в последовательностях НА и их влияние на свойства штаммов вируса гриппа А(H3N2), циркулировавших в России с 2006 по 2012 гг .34
2.7. Изменения в последовательностях NА и их влияние на свойства вирусов гриппа А(H3N2), циркулирующих с 2003 по 2013 гг. в мире 38
2.8. Замены в последовательностях белка нейраминидазы, связанные с резистентностью к лекарственным препаратам .39
2.9. Изменения в последовательностях М-белка и их влияние на свойства вирусов гриппа А(H3N2) .40 ГЛАВА 3. Характеристика вируса гриппа В 43
3.1 История вируса гриппа В 43
3.2 Антигенная характеристика штаммов вируса гриппа В, циркулирующего в мире в период 2003 - 2013 гг .46
3.3. Антигенная характеристика штаммов вируса гриппа В, циркулирующих в России в период 2003 - 2013 гг .48
3.4. Молекулярно-генетическое строение НА и NA вирусов гриппа В 49
3.4.1 Структура белка НА .49 3.4.2. Структура NA .50
3.5. Изменения в последовательностях HA и их влияние на
свойства вирусов гриппа B, циркулировавших в мире в период 2003-2013 .51
3.6. Изменения в последовательностях HA и их влияние на свойства вирусов гриппа B, циркулировавших в РФ в период 2003-2013 .53
3.7. Изменения в последовательностях NA и их влияние на свойства вирусов гриппа B .58 3.7.1. Замены в последовательностях белка нейраминидазы вируса гриппа В, связанные с резистентностью к лекарственным препаратам .60
Заключение .61
РАЗДЕЛ 2. Результаты собственных исследований 64
ГЛАВА 1. Материалы и методы 64
1.1 Эпидемические штаммы вирусов гриппа 64
1.2 Методы изучения антигенных свойств штаммов вируса гриппа А(H3N2) и В .66
1.2.1 Изоляция эпидемических штаммов вирусов гриппа .66
1.2.2. Изучение антигенных свойств вирусов гриппа 66
1.3 Методы изучения молекулярно-генетических свойств эпидемических штаммов вирусов гриппа А(H3N2) и В 67
1.3.1. Выделение вирусной РНК из исследуемого материала .67
1.3.2. Обратная транскрипция 68
1.3.3. Тест-системы для детекции вирусов гриппа A(H3N2) и В
методом ОТ-ПЦР в реальном времени (ОТ-ПЦР-РВ) 68
1.3.4. Тест-системы для определения принадлежности штаммов вируса гриппа В к эволюционным линиям .68
1.3.5. Модифицирование лабораторного варианта тест-систем на основе ПЦР в реальном времени для дифференциации эволюционных линий гриппа В 69
1.3.6. Пробоподготовка 69
1.3.7. Определение нуклеотидных последовательностей генов HA, NA, M 70
1.3.8. Построение филогенетических дендрограмм .71
ГЛАВА 2. Эволюционная изменчивость вирусов гриппа А(H3N2) циркулировавших на территории России с 2003 по 2013 гг . 71
2.1 Активность вируса гриппа А(H3N2) как этиологического агента эпидемических подъемов заболеваемости в период 2009-2013гг. и его антигенные свойства 71
2.2. Характеристика штаммов вируса гриппа A(H3N2), выделенных на отдельных территориях РФ в 2003-2013гг. и отобранных для проведения молекулярно-генетического анализа 73
2.3 Молекулярно-генетический анализ гена HA эпидемических штаммов вируса гриппа A(H3N2) 76
2.3.1. Подбор универсальных праймеров для амплификации и секвенирования полноразмерных последовательностей гена НА эпидемических штаммов вируса гриппа А(H3N2) 76
2.3.2 Анализ аминокислотной последовательности гемагглютинина эпидемических штаммов вируса гриппа А (H3N2), циркулировавших в 2003-2013гг 79
2.3.3 Филогенетический анализ последовательностей гемагглютинина эпидемических штаммов вируса
гриппа А(H3N2), циркулировавших в период 2003-2013гг 83
2.4 Молекулярно-генетический анализ гена NA эпидемических штаммов вируса гриппа A(H3N2) 87
2.4.1 Подбор универсальных праймеров для амплификации и секвенирования полноразмерных последовательностей гена NА эпидемических штаммов вируса гриппа А(H3N2) 87
2.4.2 Анализ аминокислотной последовательности белка нейраминидазы эпидемических штаммов вируса гриппа А (H3N2), циркулировавших в период 2003-2013гг 88
2.4.3 Филогенетический анализ последовательностей нейраминидазы эпидемических штаммов вируса гриппа А(H3N2), циркулировавших в период 2003-2013гг 93
2.5. Молекулярно-генетический анализ гена белка М эпидемических штаммов вируса гриппа A(H3N2) .96
2.5.1. Подбор универсальных праймеров для амплификации и секвенирования полноразмерных последовательностей гена белка М эпидемических штаммов вируса гриппа А(H3N2) .96
2.5.2 Анализ аминокислотной последовательности белка М эпидемических штаммов вируса гриппа А(H3N2) .97
2.5.3 Филогенетический анализ последовательностей белка М эпидемических штаммов вируса гриппа А(H3N2), циркулировавших в период 2003-2013гг .98
ГЛАВА 3. Эволюционная изменчивость вирусов гриппа В, циркулировавших на территории России с 2003 по 2013 гг. 101
3.1. Активность вируса гриппа В как этиологического агента эпидемических подъемов заболеваемости в период 2009-2013гг. и его антигенные свойства .101
3.2. Характеристика штаммов вируса гриппа В выделенных на отдельных территориях РФ в 2003-2013гг. и отобранных для проведения молекулярно-генетического анализа 103
3.3. Молекулярно-генетический анализ гена HA эпидемических штаммов вируса гриппа В .106
3.3.1. Подбор универсальных праймеров для амплификации и секвенирования полноразмерных последовательностей гена НА эпидемических штаммов вируса гриппа В .106
3.3.2. Анализ аминокислотной последовательности гемагглютинина эпидемических штаммов вируса гриппа В,
циркулировавших в 2003-2013гг 108
3.3.3 Филогенетический анализ последовательностей гемагглютинина эпидемических штаммов вируса гриппа B/Ямагатской линии, циркулировавших в период 2003-2013гг 111
3.3.4. Филогенетический анализ последовательностей гемагглютинина эпидемических штаммов вируса гриппа B/Викторианской линии, циркулировавших в период 2003-2013гг 114
3.4. Молекулярно-генетический анализ гена NA эпидемических штаммов вируса гриппа В 116
3.4.1. Подбор универсальных праймеров для амплификации и секвенирования полноразмерных последовательностей гена NA эпидемических штаммов вируса гриппа В 116
3.4.2. Анализ аминокислотной последовательности нейраминидазы эпидемических штаммов вируса гриппа В, циркулировавших в 2003-2013гг 117
3.4.3. Филогенетический анализ последовательностей нейраминидазы эпидемических штаммов вируса гриппа В/Ямагатской линии, циркулировавших в период 2003-2013гг 121
3.4.4. Филогенетический анализ последовательностей нейраминидазы эпидемических штаммов вируса гриппа В/Викторианской линии, циркулировавших в период 2003-2013гг 123
3.5. Модификация лабораторного варианта тест-систем на основе ПЦР в реальном времени для дифференциации эволюционных линий гриппа В 125
Обсуждение результатов 132
Выводы 146 с
Писок литературы .
