Введение
Глава 1. Обзор литературы б
I. Повторяющиеся элементы ДНК. б
1.1. Типы ДНК-повторов-тандемные (сателлитные) и диспергированные. 6
1.2. Диспергированные повторы - классификация и структура. б
1.3.1. Длинные ретропозоны (LINEs). 7
1.3.2. Короткие ретропозоны (SINEs): общая характеристика. 9
1.4. Размножение и эволюция SINE. 12
1.5. Функции SINEs и других повторов. 13
1.6. Многообразие типов коротких ретропозонов в геномах животных . 14
1.7. SINE в геноме чешуйчатых рептилий. 18
1.8. Способы поиска новых семейств SINE в геномах. 19
II. Проблемы молекулярной таксономии и систематики чешуйчатых рептилий (отр. Squamata) 21
2.1. Внутриотрядная систематика рептилий отр. Squamata. 21
2.2. Проблема систематики на низших таксономических уровнях ящериц семейства Lacertidae 21
2.2.1. История изучения кавказских скальных ящериц. 22
2.2.2. История изучения лесных видов (D. derjugini и D. praticola). 26
2.2.3. История изучения зеленых ящериц (род Lacerta s.str.). 28
Глава 2. Материалы и методы 30
2.1. Материалы, реактивы и приборы, использованные в работе. 30
2.1.1. Ферменты 30
2.1.2. Плазмидные векторы 30
2.1.3. Другие реактивы 30
2.1.4. Материалы 30
2.1.5. Приборы 30
2.2. Выделение ДНК. 31
2.3. Поиск и выделение копий SINE в геномах исследуемых видов. 32
2.3.1. ПЦР. 32
2.3.2. Клонирование ПЦР-продуктов. 33
2.3.3. Создание геномных клонотек и их скрининг. 33
2.3.4. Выделение плазмидной ДНК. 33
2.3.5. Дот-гибридизация ДНК. 34
2.3.6. Секвенирование ДНК. 35
2.4. Компьютерная обработка нуклсотидных последовательностей SINE 35
2.5. Inter-MIR-ПЦР. 35
2.6. Анализ паттернов Inter-MIR-ПЦР и построение дсндрограмм. 36
2.7. Компьютерная обработка последовательностей мономеров сателлитной ДНК ящериц . 36
Глава 3. Результаты 37
3.1. Характеристика повтора Squam-1: структурные особенности. 37
3.2. Таксономическое распространение Squam-1. 45
3.3 Характеристика повтора Squam-2: структурные особенности . 51
3.4. Таксономическое распространение Squam-2. 53
3.5. Inter-MIR-ПЦР и анализ мономеров сателлитной ДНК. 57
Глава 4. Обсуждение 66
4.1. Squam-І и Squam-2 - новые семейства коротких рстропозонов в отряде чешуйчатых рептилий (Squamata): их свойства и сопоставление. 66
4.2. Использование Inter-SINE-ПЦР и сателлитной ДНК при изучении эволюции и таксономической структуры рептилий. 75
Выводы 30
Благодарности 81
Список литературы 82
