Содержание
Введение ................................................................................................................................................. 5
Глава 1. Обзор литературы .............................................................................................................. 12
1.1 Связь с остальными главами ................................................................................................ 12
1.2 Определение действующих факторов и оценка основных параметров эволюции из
геномных данных ................................................................................................................ 12
1.2.1 Механизм эволюции ВИЧ и оценка среднего коэффициента отбора ........................ 12
1.2.1 Оценка эффективного размера популяции .................................................................... 14
1.2.3 Оценка вероятности рекомбинации ............................................................................... 15
1.3 Многолокусные модели эволюции популяций бесполых организмов и вирусов ............ 16
1.3.1 Многолокусная эволюция с фиксированным коэффициентом отбора ...................... 16
1.3.2 Многолокусная эволюция с распределенным коэффициентом отбора ..................... 18
1.4 Многолокусная эволюция частично половых популяций .................................................. 19
1.4.1 Эволюция с рекомбинацией и начальным генетическим разнообразием ................. 19
1.4.2 Эффекты общей родословной (филогенеза) на эволюцию с рекомбинацией ........... 19
1.5 Определение адаптивного ландшафта из геномных данных ............................................. 20
1.5.1 Универсальный эволюционный след эпистаза ............................................................ 21
1.5.2 Обнаружение эпистатических пар локусов в одной отдельно взятой популяции:
миссия невыполнима ...................................................................................................... 22
1.5.3 Обнаружение эпистатических пар локусов методом трехлокусной корреляции ..... 22
1.5.4 Оценка коэффициентов отбора отдельных локусов из геномных данных ............... 23
1.6 Эволюционная роль признака .................................................................................................... 24
1.6.1 СПИД, как следствие адаптации ВИЧ к хозяину ........................................................ 24
1.6.2 Эволюционная роль латентного состояния ВИЧ ......................................................... 26
1.6.3 Роль рекомбинации в адаптации и оптимальная вероятность мутаций в системе
полиовирус-мышь ........................................................................................................... 28
1.7 Наперегонки с враждебным биологическим видом ................................................................ 29
1.7.1 Эволюция респираторного вируса в популяции под давлением гуморального
иммунитета ...................................................................................................................... 29
1.7.2 Эволюция ВИЧ в хозяине под давлением клеточного иммунитета .......................... 30
1.7.3 Эволюционная стабильность ВИЧ в хозяине в присутствии дефектных
интерферирующих частиц ............................................................................................. 32
Диссертация Рузина И.М. «Математические методы популяционной генетики и их применение к вирусологии».
3
1.7.4 Эволюционный конфликт ВИЧ между уровнями хозяина и популяции в
присутствии дефектных интерферирующих частиц ................................................... 33
Глава 2. Определение действующих факторов и оценка основных параметров эволюции
из геномных данных .......................................................................................................................... 33
2.1 Механизм эволюции ВИЧ и оценка среднего коэффициента отбора ............................... 34
2.2 Оценка эффективного размера популяции .......................................................................... 48
2.3 Оценка вероятности рекомбинации ВИЧ ............................................................................ 59
Глава 3. Многолокусные модели эволюции популяций бесполых организмов и вирусов . 69
3.1 Многолокусная эволюция с фиксированным коэффициентом отбора ............................ 70
3.2 Многолокусная эволюция с распределенным коэффициентом отбора ............................ 85
Глава 4. Многолокусная эволюция частично половой популяции ......................................... 93
4.1 Эволюция с рекомбинацией и начальным генетическим разнообразием ........................ 94
4.2 Эффекты общей родословной (филогенеза) на эволюцию с рекомбинацией ................ 102
Глава 5. Определение адаптивного ландшафта из геномных данных .................................. 116
5.1 Универсальный эволюционный след эпистаза ................................................................. 116
5.2 Обнаружение эпистатических пар локусов в одной отдельно взятой популяции: миссия
невыполнима .............................................................................................................................. 128
5.3 Обнаружение эпистатических пар локусов методом трехлокусной корреляции .......... 137
5.4 Оценка коэффициентов отбора отдельных локусов из геномных данных .................... 147
Глава 6. Эволюционная роль признака ...................................................................................... 159
6.1 СПИД, как следствие адаптации ВИЧ к хозяину ............................................................. 159
6.2 Эволюционная роль латентного состояния ВИЧ ............................................................... 159
6.3 Роль рекомбинации в адаптации и оптимальная частота мутаций в системе вирус
полиомиелита - мышь ................................................................................................................ 185
Глава 7. Наперегонки с враждебным биологическим видом .................................................. 197
7.1 Эволюция респираторного вируса в популяции под давлением гуморального
иммунитета ................................................................................................................................. 197
7.2 Эволюция ВИЧ в хозяине под давлением клеточного иммунитета ............................... 210
7.3 Эволюционная стабильность ВИЧ в хозяине в присутствии дефектных
интерференционных частиц ...................................................................................................... 222
7.4 Эволюционный конфликт ВИЧ между уровнями хозяина и популяции в присутствии
дефектных интерферирующих частиц ..................................................................................... 235
Диссертация Рузина И.М. «Математические методы популяционной генетики и их применение к вирусологии».
4
Заключение ....................................................................................................................................... 248
Выводы .............................................................................................................................................. 250
Указатель терминологии ................................................................................................................ 251
Библиография ................................................................................................................................... 255
