Введение.................................................................................................................................................................4
Глава 1. Обзор литературы.................................................................................................................................11
1.1. Метод рамановской спектроскопии в исследовании белковых молекул............................................11
1.1.1. Общие сведения.................................................................................................................................11
1.1.2.Методические вопросы......................................................................................................................14
1.1.3. Спектры КР белков............................................................................................................................19
1.1.4. SERS и резонансная РС.....................................................................................................................22
1.2. Другие методы определения структуры белков....................................................................................25
1.2.1. Рентгеноструктурный анализ и ядерный магнитный резонанс ....................................................25
1.2.2. Круговой дихроизм ...........................................................................................................................26
1.2.3. Предсказание структуры белка ........................................................................................................26
1.3. Животные токсины и яды........................................................................................................................27
1.3.1. Токсины животных белковой природы...........................................................................................27
1.3.2. РС в исследовании пептидных и белковых токсинов....................................................................30
1.3.3. Яды змей.............................................................................................................................................32
1.3.4. Метод масс-спектрометрии для анализа цельных ядов.................................................................35
1.4. Метод главных компонент для анализа спектральных данных...........................................................36
1.4.1. МГК и методы кластеризации..........................................................................................................36
1.4.2. Применение МГК к данным РС.......................................................................................................38
1.5. Выводы к главе 1......................................................................................................................................40
Глава 2. Классификация спектров КР токсинов с помощью МГК.................................................................41
2.1. Материалы и методы................................................................................................................................41
2.1.1. Образцы пептидов и белков .............................................................................................................41
2.1.2. Сбор данных.......................................................................................................................................43
2.1.3. Обработка данных.............................................................................................................................43
2.2. Результаты.................................................................................................................................................45
2.2.1. Анализ спектров КР токсинов..........................................................................................................45
2.2.2. Исследование спектрального региона вторичной структуры токсинов.......................................51
2.2.3. Сравнение спектров КР изомеров конотоксина RgIA ...................................................................55
2.2.4. Классификация спектров КР трехпетельных токсинов ................................................................57
2.2.5. Сравнение триптофанового дублета для растворов и сухих образцов ........................................58
2.3. Выводы к главе 2......................................................................................................................................59
Глава 3. Классификация ядов разных видов змей с помощью РС..................................................................60
3
3.1. Материалы и методы................................................................................................................................60
3.1.1. Образцы ядов .....................................................................................................................................60
3.1.2. Сбор данных.......................................................................................................................................61
3.1.3. Обработка спектральных данных ....................................................................................................61
3.2. Результаты.................................................................................................................................................62
3.2.1. Применение МГК к спектрам КР ядов для их классификации.....................................................62
3.2.2. Применение ГК-DFA для разделения спектров КР ядов по семействам змей............................65
3.3.3. Прямой анализ полос Amide I и S–S спектров образцов...............................................................69
3.3. Выводы к главе 3......................................................................................................................................74
Глава 4. Анализ спектров КР ядов отдельных особей змей............................................................................76
4.1. Материалы и методы................................................................................................................................76
4.1.1. Образцы ядов и фосфолипаз А2.......................................................................................................76
4.1.2. Сбор данных.......................................................................................................................................77
4.1.3. Обработка спектральных данных ....................................................................................................77
4.2. Результаты.................................................................................................................................................78
4.2.1. Применение МГК к спектрам КР образцов ядов............................................................................78
4.2.2. Анализ полосы Amide I ядов VN и фосфолипаз A2.......................................................................82
4.3. Выводы к главе 4......................................................................................................................................85
Глава 5. Сравнение спектров КР рекомбинантного и синтетического белка SLURP-1 ...............................86
5.1. Материалы и методы................................................................................................................................86
5.2. Результаты.................................................................................................................................................87
5.3. Выводы к главе 5......................................................................................................................................91
Заключение ..........................................................................................................................................................92
Благодарности......................................................................................................................................................94
Список литературы .............................................................................................................................................95
