Введение
ГЛАВА 1. Гидрогеназы: классификация, структура, свойства 10
1.1 Hmd-гидрогеназы 10
1.2 Fe-Fe-гидрогеназы
1.2.1 Каталитический цикл железосодержащих гидрогеназ 14
1.2.2 Биосинтез железосодержащих гидрогеназ 15
1.3 Железоникелевые гидрогеназы 16
1.3.1 Каталитический цикл железоникелевых гидрогеназ 21
1.3.2 Биосинтез железоникелевых гидрогеназ 21
ГЛАВА 2. Методы определения структуры гидрогеназ 23
2. 1 Методы молекулярной спектрометрии в исследовании активного центра и электрон переносящих кофакторов гидрогеназ 23
2. 2 Методы расшифровки трёхмерной структуры гидрогеназ 24
2. 3 Вычислительные методы в исследовании гидрогеназ 26
Глава 3. Гидрогеназы thiocapsa roseopersicina и alteromonas macleodii 27
Глава 4. Взаимодействие железоникелевых гидрогеназ с редокс партнёрами 30
ГЛАВА 5. Материалы и методы 32
5.1 Моделирование гидрогеназы HydSL Т. roseopersicina 32
5.2 Проверка качества моделей по геометрическим критериям 34
5.3 Минимизация энергии двусубъединичных моделей з
5.4 Моделирование С-концевого фрагмента малой субъединицы и полноразмерного фермента 35
5.5 Моделирование гидрогеназы HydSL Alt. macleodii 35
5.6 Реконструкция лигандов в полученных моделях 36
5.7 Подсчёт ионных пар 36
5. 8 Подсчёт водородных связей 36
5. 9 Картирование поверхностей гидрогеназ 36
5. 10 Картирование внутримолекулярных туннелей 37
5. 11 Моделирование взаимодействия гидрогеназы с метилвиологеном и полипептидами 37
5. 12 Выделение гидрогеназы Т. roseopersicina BBS 38
5. 13 Определение гидрогеназной активности 39
5.14 Определение константы ингибирования гидрогеназы положительно заряженными полипептидами 39
5. 15 Построение схемы направленной модификации гидрогеназы Т. roseopersicina 39
ГЛАВА 6. Результаты и обсуждение 41
6. 1 Модели гидрогеназы HydSL Т. roseopersicina 41
6. 2 Моделирование полноразмерной малой субъединицы гидрогеназы HydSL Т.
roseopersicina 46
6. 3 Модели гидрогеназы HydSL Alt. macleodii 49
6. 4 Анализ взаимодействий внутри субъединиц и между субъединицами 55
6. 5 Картирование внутримолекулярных туннелей 58
6. 6 Картирование поверхностей гидрогеназ 61
6. 8 Влияние положительно заряженных полипептидов на активность гидрогеназы HydSL Т.
roseopersicina 64
6. 9 Докинг метилвиологена и полипептидов с гидрогеназой Т. roseopersicina 66
6. 10 Схема направленной модификации гидрогеназы HydSL Т. roseopersicina с целью придания
ей повышенной устойчивости к кислороду 70
Заключение 79
Выводы 82
Список опубликованных работ по теме диссертации 83
Список использованной литературы
