Введение
2. Обзор литературы 24
2.1. Геном М. tuberculosis - возбудителя туберкулеза в сравнении с геномами близкородственных микобактерий 24
2.2. Молекулярное генотипирование М. tuberculosis 29
2.3. Лекарственно-резистентные штаммы М. tuberculosis, их эпидемическая значимость 35
2.4. Молекулярные механизмы резистентности М. tuberculosis к лекарственным препаратам 45
2.5. Методы молекулярной диагностики лекарственной резистентности М. tuberculosis 55
2.6. Молекулярно-генетические особенности современных клинических штаммов М. tuberculosis 61
3. Материалы и методы 66
3.1. Бактериальные штаммы 66
3.2. Питательные среды 66
3.3. Определение лекарственной чувствительности микобактерий in vitro 66
3.4. Определение молекулярных механизмов лекарственной резистентности М. tuberculosis 66
3.5. Генотипирование клинических штаммов М. tuberculosis 68
3.5.1. Видовая идентификация клинических штаммов микобактерий 68
3.5.2. Выделение хромосомной ДНК 68
3.5.3. RFLP-\S6110 69
3.5.4. Сполиготипирование 69
3.5.5. RFLP-PGRS 70
3.5.6. VNTR 70
3.5.7. Программное обеспечение 71
3.6. Определение вирулентности клинических штаммов М. tuberculosis 71
3.6.1. Заражение макрофагов 71
3.6.2. Заражение животных 72
3.7 Определение делетированных последовательностей в геномах штаммов микобактерий 72
3.8. Деплиторная аллель-специфичная ПЦР 72
4. Результаты исследований 75
4.1. Клинические штаммы М. tuberculosis: изучение молекулярных механизмов резистентности крифампицину и изониазиду 75
4.2. Разработка молекулярных методов экспресс-идентификации лекарственной резистентности к рифампицину и изониазиду клинических штаммов М. tuberculosis 79
4.3. Изучение вирулентности клинических штаммов М. tuberculosis 86
4.4. Сравнение геномов микобактерий с использованием метода гибридизации на ДНК-чипах: выявление различий, важных для функционирования микобакте-риальной клетки и дифференциации клинических штаммов микоба 91
4.5. Характеристика лекарственно-резистентных штаммов М. tuberculosis, выделенных от больных-заключенных, находящихся в СИЗО города Серпухов 94
4.6. MDR туберкулез у заключенных в Тульской области 110
4.7. Характеристика клинических штаммов М. tuberculosis, выделенных от больных в городе Тула и Тульской области 123
4.8. Характеристика клинических штаммов М. tuberculosis, выделенных от больных туберкулезом в Нижегородской области 129
4.9. Характеристика клинических штаммов М. tuberculosis, выделенных от больных туберкулезом в городе Калуга 134
4.10. Коллекция клинических штаммов М. tuberculosis (ГНЦ ПМ, Оболенск) 136
4.11. Характеристика клинических штаммов М. tuberculosis AI/LAM семейства 142
4.12. Сравнение разрешающей способности разных методов
генотипирования 146
5. Обсуждение результатов 159
5.1. Эпидемическая значимость лекарственно-резистентных клинических штаммов М. tuberculosis 159
5.2. Молекулярные механизмы резистентности клинических штаммов М. tuberculosis к изониазиду, рифампицину и пиразинамиду 161
5.3. Разработка молекулярных методов экспресс-идентификации лекарственной резистентности к рифампицину и изониазиду клинических штаммов М.tuberculosis 162
5.4. Вирулентность клинических лекарственно-резистентных штаммов М. tuberculosis 166
5.5. Сравнение геномов микобактерий с использованием метода гибридизации на ДНК-чипах: выявление различий, важных для функционирования микобактери-альной клетки и дифференциации клинических штаммов микобакте-рий 168
5.6. Характеристика лекарственно-резистентных штаммов М. tuberculosis, выделенных от больных, находящихся в СИЗО города Серпухов 174
5.7. Характеристика клинических штаммов М. tuberculosis, выделенных от больных туберкулезом в городе Тула и Тульской области 177
5.8. Сравнительный анализ генотипов штаммов М. tuberculosis, выделенных от больных туберкулезом в городах Серпухов, Тула, Калуга, в Тульской и Нижегородской областях 180
5.9. Характеристика клинических штаммов М. tuberculosis AI/LAM
семейства 181
6. Выводы 185
7. Список литературы 185
