Введение
Глава 1. Обзор литературы 8
1.1. Производство водорода 8
1.2. Моделирование производства водорода 17
1.3. Структура ферредоксина, ФНР и гидрогеназы 25
1.4. Постановка задачи 38
Глава 2. Метод многочастичного моделирования 40
2.1. Броуновское движение 41
2.2. Модельная сцена 44
2.3. Описание движения белков 45
2.4. Электростатическое взаимодействие белков 49
2.5. Кинетические кривые 54
Глава 3. Подбор параметров модели. Валидация модели. Зависимость от ионной силы 56
3.1. Подбор параметров модели 56
3.2. Валидация модели. Зависимость от ионной силы 64
Глава 4. Результаты исследования. Влияние pH на взаимодействие ферредоксина, ФНР и гидрогеназы 68
4.1. Зависимости констант скоростей образования комплексов ферредоксин-ФНР и ферредоксин-гидрогеназа от pH 68
4.2. Сравнительный анализ эквипотенциальных поверхностей ферредоксина, ФНР и гидрогеназы 71
Глава 5. Исследование влияния мутаций на скорость связывания ферредоксина, ФНР и гидрогеназы 78
Заключение 88
Список литературы 91
