Введение
1. Введение 5
2. Обзор литературы 12
2.1. Общие сведения о полиовирусс 12
2.2. Модели генетической рекомбинации 13
2.3. Доказательства существования репликативной рекомбинации между молекулами РНК 18
2.4. Возможные механизмы репликативной рекомбинации 27
2.5. Возможные механизмы расщепления и лигирования молекул РНК 33
2.6. Доказательства существования нерепликативной рекомбинации между молекулами РНК 37
3. Материалы и методы 45
3.1. Ферменты и реактивы 45
3.2. Плазмида 45
3.3. Бактериальный штамм 45
3.4. Синтетические олигонуклеотиды 46
3.5. Базовые методы молекулярного клонирования 48
3.6. Получение плазмидных конструкций, содержащих кДНК фрагментов 53
3.7. Получение полноразмерных транскриптов 59
3.8. Модификации концевых нуклеотидов транскриптов 61
3.9. Анализ вирусных клонов 65
3.10. Определение нуклеотидной последовательности RT PCR-фрагментов и плазмидной ДНК 69
3.11. Моделирование вторичной структуры РНК 70
4. Результаты 71
4.1. Конструирование 5- и З-фрагментов РНК полиовируса, точно дополняющих друг друга 72
4.2. Образование рекомбинантов между 5- и З-фрагментами РНК полиовируса, точно дополняющими друг друга 79
4.3. Конструирование 5- и З-фрагментов РНК иолиовируса, имеющих область перекрывания 86
4.4. Образование рскомбинантов между 5- и З-фрагмснтами РНК полиовируса, имеющих область перекрывания 87
4.5. Отклонение от точности при образовании рекомбинантов между фрагментами РНК полиовируса 91
5. Обсуждение результатов 99
5.1. Доказательство существования нерепликативной рекомбинации между фрагментами РНК полиовируса 99
5.2. Лигирование фрагментов РНК полиовируса 101
5.3. Рекомбинация между перекрывающимися фрагментами РНК полиовируса 104
5.4. Точность при образовании рекомбинантов между фрагментами РНК полиовируса 107
5.5. Репликативная и нерепликативная рекомбинация у РНК-содержащих вирусов 113
5.6. Биологическая значимость нерепликативной рекомбинации между молекулами РНК 117
Выводы 119
