Введение
ГЛАВА 1. Обзор литературы 22
1.1 Инфекции в гинекологии, акушерстве и неонатологии 22
1.1.1 Современные проблемы инфекционного контроля в акушерско-гинекологической и неонатальной службе 22
1.1.2 Эволюционные аспекты изменчивости микроорганизмов 23
1.1.3 Инфекции в гинекологии и акушерстве: от нормы к патологии 25
1.1.4 Инфекции в неонатологии 35
1.2 Современная микробиологическая диагностика оппортунистических
инфекций с применением инновационных технологий 42
1.2.1 Культуральная диагностика оппортунистических инфекций 42
1.2.2 Роль молекулярно-биологических методов в диагностике оппортунистических инфекций 44
1.2.3 Масс-спектрометрический анализ в микробиологии 50
1.2.3.1 Развитие масс-спектрометрии в идентификации микроорганизмов 50
1.2.3.2 MALDI–TOF–MS для идентификации грамотрицательных и грамположительных бактерий 59
1.2.3.3 MALDI–TOF–MS для идентификации трудноидентифицируемых бактерий 64
1.2.3.4 MALDI–TOF–MS для идентификации дрожжевых грибов 65
1.2.3.5 MALDI–TOF–MS для определения антибиотикорезистентности и типирования бактерий 68
1.2.4 Прямая индикация микроорганизмов в биологических жидкостях 70
1.2.4.1 Метод проточной уроцитофлюориметрии для диагностики бактериурии 70
1.2.4.2 MALDI–TOF–MS для прямой индикации микроорганизмов в моче и крови 72
1.2.5 Перспективы комплексного внедрения новых технологий в рутиннуюz рактику для решения задач «быстрой микробиологии» 75
ГЛАВА 2. Материалы и методы исследования 77
2.1 Клинический материал и общий объем проведенных исследований 77
2.2 Бактериологические методы 81
2.3 Протеометрические методы 85
2.3.1 Видовая идентификация методом MALDI–TOF–MS анализа выделенных при посеве микроорганизмов 85
2.3.2 Прямая индикация микроорганизмов в клиническом материале методом MALDI–TOF–MS анализа 88
2.4 Молекулярно-биологические методы 89
2.4.1 Метод ПЦР в диагностике состояния микроценоза влагалища 89
2.4.2 Молекулярно-генетическое типирование микроорганизмов 91
2.5 Уроцитофлуориметрический метод анализа мочи 92
2.6 Статистическая обработка данных 93
ГЛАВА 3. Изучение диагностической возможности метода MALDI–TOF–MS анализа при идентификации и штаммовой дифференциации микроорганизмов 96
3.1 Оптимизация технологии проведения MALDI–TOF–MS анализа
бактерий 96
3.1.1 Оптимизация технологии MALDI–TOF–MS анализа нейссерий и изучение возможности их штаммового типирования 96
3.1.2 Оптимизация технологии MALDI–TOF–MS анализа стафилококков и изучение возможности их штаммового типирования 102
3.1.3 Оптимизация технологии MALDI–TOF–MS анализа лактобацилл 108
3.2 Оптимизация технологии MALDI–TOF–MS анализа дрожжевых грибов...111
ГЛАВА 4. Оценка диагностической значимости MALDI–TOF–MS в сравнении
с традицонными бактериологическими и молекулярно-генетическими
методами 118
4.1 Оценка достоверности видовой идентификации грамположительных бактерий 118
4.2 Оценка достоверности видовой идентификации грамотрицательных бактерий 130
4.3 Оценка достоверности видовой идентификации трудноидентифицируемых (в том числе строгих анаэробных) бактерий 139
4.4 Оценка достоверности видовой идентификации дрожжевых грибов 150
ГЛАВА 5. Разработка технологии прямого MALDI–TOF–MS анализа микроорганизмов в клиническом материале (моча, кровь) и оценка возможности ее применения при скрининге бактериурии и бактериемии 158
5.1 Разработка и усовершенствование технологии прямого масс-спектрометрического профилирования микроорганизмов в моче и оптимизация диагностики бактериурии 158
5.2 Разработка и усовершенствование технологии прямого масс -спектрометрического профилирования микроорганизмов в гемокультуре и оптимизация диагностики бактериемии 167
ГЛАВА 6. Изучение особенностей микроценозов у беременных и новорожднных в норме и патологии с использованием инновационных методов 174
6.1 Результаты изучения состояния микроценоза влагалища беременных женщин на основе комплексной микробиологической (культуральной, протеометрической и молекулярно-генетической) оценки 174
6.2 Результаты выявления различными микробиологическими методами особенностей микробной колонизации и этиологии ИВЗ у новорожднных,
находящихся на выхаживании в стационаре 187
ГЛАВА 7. Разработка диагностического алгоритма микробиологического обследования беременных и новорожднных с применением инновационных технологий 200
7.1 Разработка методологических подходов к созданию диагностических панелей для быстрой идентификации возбудителей внебольничных и внутрибольничных инфекций 200
7.2 Разработка оптимального алгоритма микробиологического обследования беременных женщин 213
7.3 Определение наиболее эффективного метода микробиологического мониторинга в неонатальных стационарах 216
Обсуждение результатов 220
Выводы 242
Практические рекомендации 244
Приложения 245
Список литературы
