ВВЕДЕНИЕ 4
ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ 12
1.1. Общие закономерности канцерогенеза 12
1.2. Рак яичников и эпигенетические механизмы 13
1.2.1. Патофизиологические особенности опухоли 13
1.2.2. Базовые механизмы, действующие при развитии и
метастазировании рака яичников
15
1.2.2.1. Метилирование 16
1.2.2.2. Эпителиально-мезенхимальный переход (ЭМП) 18
1.3. Длинные некодирующие РНК (днРНК) 21
1.3.1. Роль в патофизиологических процессах 29
1.3.2. Роль некоторых днРНК в ЭМП 47
1.4. Клиническая значимость некодирующих РНК (нкРНК) 49
Заключение 51
ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ 53
2.1. Общая характеристика образцов больных раком яичников 53
2.2. Методы исследования 58
2.2.1. Биоинформатические методы анализа; критерии отбора
днРНК
58
2.2.2. Выделение тотальной ДНК и РНК из биологического
материала
59
2.2.2.1. Выделение ДНК из ткани 59
2.2.2.2. Выделение РНК 60
2.2.3. Бисульфитная конверсия ДНК. Метил-специфичная
количественная полимеразная цепная реакция (МС-ПЦР)
62
2.2.3.1. Бисульфитная конверсия ДНК в растворе 62
2.2.3.2. Метил-специфичная полимеразная цепная реакция в
реальном времени (МС-ПЦР-РВ)
63
2.2.4. Экспрессионный анализ днРНК 67
2.2.4.1. Реакция обратной транскрипции 67
2.2.4.2. SYBR Green ПЦР в реальном времени 67
2.3. Статистическая обработка результатов исследования 70
3
2.4. Метод дискриминантного анализа 71
2.5. Метод RОС-анализа 72
ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ 74
3.1. Результаты биоинформатического анализа баз данных 74
3.2. Изменения уровня метилирования генов днРНК в парных
образцах опухолей яичников и в перитонеальных метастазах
76
3.2.1. Идентификация генов днРНК, гиперметилированных в
опухолях больных раком яичников
76
3.2.2. Связь уровня метилирования с характеристиками прогрессии
рака яичников
78
3.2.3. Связь уровня метилирования с метастазированием при
сравнении опухоли от пациентов с метастазами и без них
81
3.2.4. Изменение уровней метилирования генов днРНК в
перитонеальных метастазах
85
3.3. Изменение уровней экспрессии днРНК в опухолях яичников:
связь с прогрессией и метастазированием
87
3.3.1. Изменения уровней экспрессии днРНК в парных образцах
опухолей яичников и перитонеальных метастазах
87
3.3.2. Связь изменений уровня экспрессии днРНК с
характеристиками прогрессии РЯ
89
3.3.3. Связь изменений уровня экспрессии днРНК в опухолях
больных рака яичников с лимфогенным метастазированием и
диссеминацией по брюшине
90
3.4. Вклад аберрантного метилирования в нарушение экспрессии
днРНК в злокачественных опухолях яичников
92
3.4.1. Оценка влияния метилирования ряда генов днРНК на
изменение уровня их экспрессии в опухолях яичников
92
3.4.2. Синергизм в эпигенетических изменениях ряда генов днРНК 94
3.4.2.1. Ко-метилирование генов днРНК в опухолях яичников 94
3.4.2.2. Ко-экспрессия генов днРНК в опухолях яичников 96
3.5. Новые маркеры прогноза метастазирования рака яичников 97
ГЛАВА 4. ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ 100
ЗАКЛЮЧЕНИЕ 109
ВЫВОДЫ 114
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ 115
