Введение
1. Введение 13
2. Обзор литературы 17
2.1. Патогенез В-клеточных. лимфатических опухолей 17
2.1.1. Общая характеристика генетических повреждений при лимфомах 18
2.2. Ремоделирование генов Ig: перестройка генов иммуноглобулинов, соматическая гипермутация и сдвиг изотипа в норме 22
2.2.1. Перестройка генов иммуноглобулинов 22
2.2.2. Соматическая гипермутация и события в терминальном центре 26
2.2.3. Сдвиг изотипа 29
2.3. Хромосомные транслокации с участием локусов иммуноглобулинов 31
2.3.1. Хромосомные транслокации, возникающие в процессе V(D)J рекомбинации 33
2.3.2. Хромосомные транслокации, возникающие во время сдвига изотипа 36
2.3.3. Значение соматической гипермутации в лимфомагенезе: хромосомные транслокации и мутации генов вне локусов Ig 39
2.4. Оценка степени зрелости клеток-предшественниц В-клеточных лимфом путем анализа ремоделирования генов иммуноглобулинов 43
2.5. Роль антигенной селекции при В-клеточных лимфомах, Антигенная стимуляция и селекция 49
2.6. Патогенез отдельных видов лимфом 52
2.6.1. Лимфома из клеток мантийной зоны (ЛМЗ) 53
2.6.2. Хронический лимфолейкоз 56
2.6.3. Лимфомы из клеток центра фолликула 68
2.6.3.1 .Центрофолликулярная лимфома 68
2.6.3.2. Лимфома Беркитта 73
2.6.3.3. В-крупноклеточная лимфома (В-ККЛ) 78
2.б.4.Лимфоплазмацитоидная лимфома 83
2.6.5. Зрелоклеточные лимфомы, возникающие из клеток памяти 84
3 Материалы и методы 89
3.1. Экспериментальные методики 89
3.1.1. Рекомбинантные космидные клонотеки 89
3.1.1.1. Фонотека ICRF С108 DH5L4/FS13 89
3.1.1.2. IGiOHOTCKaLANLBNCOl 90
3.1.2. КлонотекаРАС и ее гибридизационый скрининг 90
3.1.3. Создание субклонотеки из отдельных фрагментов отобранных клонов РАС 91
3.1.4. Рестрикционный анализ ДНК иСаузерн -блоттинг 92
3.1.5. Приготовление радиоактивно меченых ДНК-зондов 92
3.1.6. Гибридизация панелей космидных клонов и РАС-клонов 93
3.1.7. Нозерн-блоттинг 94
3.1.8. Радиоавтография 94
3.1.9. ПЦР-анализ 94
3.1.10. Выделение космидной, плазмидной ДНК, а также ДНК РАС-клонов из клеток Е. coli и выделение ДНК из клеток дрожжей 96
3.1.11. Электрофорез фрагментов ДНК в агарозном геле 96
3.1.12. Выделение фрагментов ДНК из агарозных гелей 96
3.1.13. Клонирование фрагментов ДНК 97
3.1.14. Трансформация клеток Е.соІІ и дрожжей 97
3.1.15. Определение нуклеотидных последовательностей
плазмид и ПЦР-продуктов 98
3.1.16. Экспрессионная кДНК библиотека для дрожжевой
двугибридной системы 98
3.2. Реагенты и оборудование 99
3.2.1. Среды, условия хранения и культивирования бактерий 99
3.2.2. Ферментные препараты 99
3.2.3. Другие реактивы и расходные материалы 100
3.3. Программы для компьютерного анализа 100
4. Результаты 105
4 Л. Пояснения к выбору стратегий поиска генов, принимающих участие в процессе образования опухолей у человека 105
4.2. Поиск гена-супрессора опухолевого роста, расположенного в районе 13ql4.3 107
4.2.1. Поиск минимального участка хромосомы 13, утрачиваемого у пациентовс В-ХЛЛ 107
4.2.2. Первичная характеристика генов DLEUI и DLEU2, расположенных в составе минимального утрачиваемого участка хромосомы 13 108
4.2.3. Построение космидного контига между 8Т8-маркерамиШЗЭ1168 HD13S25 хромосомы 13 человека 111
4.2.4. Составление транскрипционной карты участка между STS-маркерами D13S1168 HD13S25 хромосомы 13 человека 115
4.2.5. Картирование повторяющихся последовательностей и анализ их распределения в составе референтной нуклеотидной последовательности 117
4.2.6. Получение клонов, содержащих участки геномной ДНК мыши, соответствующие участку, утрачиваемому у больных В-ХЛЛ 122
4.2.7. Сравнительный геномный анализ нуклеотидных последовательностей гомологичных участков ДНК мыши и человека.. 126
4.2.8. Анализ генов RFP2, KCNRG, C130RF1 и FAM10A4 - потенциальных онкосупрессоров, обнаруженных в результате построения транскрипционной карты участка генома, утрачиваемого у больных В-ХЛЛ 132
4.2.8.1. Ген RFP2 133
4.2.8.2. Ген KCNRG 136
4.2.8.3. Ген С130RF1 140
4.2.8.4. Ген FAM10A 142
4.3. Структура гена-онкосупрессора ING1 и описание его ближайших гомологов 144
4.4. Структура гена-онкосупрессора СКАР2 151
4.5. In silico скрининг последовательностей нуклеотидов генома человека, специфически экспресснрующихся в опухолях 153
4.5.1. Пилотный эксперимент 155
4.5.2. Результаты полномасштабного сопоставления спектров экспрессии нормальных и опухолевых клеток 161
5. Выводы 175
Благодарности 178
6. Список литературы 179
