Введение
Глава 1 . Исследования белков DJ-1, SFPQ, hnRNP A1 и некоторых других участников регуляции жизнеспособности опухолевых клеток человека (обзор литературы) 10
1.1. Роль культивируемых опухолевых клеток человека в изучении злокачественных новообразований и понятие клеточной жизнеспособности 10
1.2. Ключевые сигнальные пути и белки, участвующие в обеспечении клеточной жизнеспособности 11
1.3. Протеомные подходы к изучению белков культивируемых клеток человека 17
1.4. Культивируемые клеточные линии как in vitro модели для изучения веществ, влияющих на жизнеспособность эукариотических клеток 25
1.5. Роль отдельных белков в регуляции жизнеспособности клеток человека 34
1.5.1. Белок DJ-1 34
1.5.2. Кофилин 1 36
1.5.3. Белок SFPQ 38
1.5.4. Белок hnRNP A1 40
Глава 2. Материалы и методы 42
2.1. Реактивы и биологические материалы 42
2.2. Методы 42
2.2.1. Культивирование клеток человека 42
2.2.2. Фракционирование белков двумерным электрофорезом по О Фарреллу 43
2.2.2.1. Подготовка образцов для двумерного электрофореза 43
2.2.2.2. Изоэлектрофокусирование в амфолиновом градиенте рН (NPGE) 43
2.2.2.3. Изоэлектрофокусирование в иммобилиновом градиенте (IPG) 44
2.2.2.4. SDS-электрофорез в пластинах полиакриламидного геля (PAGE) 45
2.2.2.5. Детекция белковых фракций на гелях при помощи окраски Кумасси бриллиантовым синим R-250 и азотнокислым серебром 46
2.2.2.6. Получение компьютерных изображений двумерных электрофореграмм, компьютерная денситометрия и архивирование высушенных гелей 47
2.2.3. Масс-спектрометрическая идентификация белков 47
2.2.4. Изучение биологического эффекта производных дигидрокверцетина (олигоДГК и ДГК-АБК) и олигомерного катехина на жизнеспособность культивируемых злокачественных клеток человека 47
2.2.5. Определение жизнеспособности опухолевых клеток 48
2.2.6. Изучение влияния препаратов олигомерного дигидрокверцетина и олигомерного катехина на белковый профиль клеточной линии рабдомиосаркомы RD 48
2.2.7. Оценка кинетики пролиферативной активности клеточной линии рабдомиосаркомы RD под воздействием производных дигидрокверцетина (олигоДГК и ДГК-АБК) 49
2.2.8. Статистическая обработка результатов 50
Глава 3. Результаты и их обсуждение 51
3.1. Протеомный анализ клеточной линии рабдомиосаркомы RD и выявление отдельных белков, ассоциированных со злокачественной трансформацией 51
3.2. Сравнительное изучение протеомными методами белков DJ-1, кофилина 1, SFPQ и hnRNP A1 в ряде злокачественных клеточных линий различного происхождения. База данных «Протеомика злокачественных клеток» 63
3.2.1. Сравнительное изучение протеомными методами белка DJ-1 в злокачественных и нормальных клетках человека 63
3.2.2. Сравнительное изучение протеомными методами кофилина 1 в злокачественных и нормальных клетках человека 68
3.2.3. Сравнительное изучение протеомными методами белков SFPQ и hnRNP A1 в злокачественных и нормальных клетках человека 71
3.2.4. Создание базы данных «Протеомика злокачественных клеток» 83
3.3. Формирование биотест-системы на основе клеточной линии рабдомиосаркомы человека и изучение влияния олигомерного катехина и производных дигидрокверцетина (олигоДГК и ДГК-АБК) на клетки линии RD 89
3.3.1. Изучение кинетики пролиферативной активности клеточной линии рабдомиосаркомы RD под действием производных дигидокверцетина (олигоДГК и ДГК-АБК) 90
3.3.2. Изучение влияния производных дигидрокверцетина (олигоДГК и ДГК-АБК) и олигомерного катехина на жизнеспособность опухолевых клеток человека с использованием биотест-системы на основе клеток линии рабдомиосаркомы RD 94
3.3.3. Изучение изменений протеомного профиля клеточной линии рабдомиосаркомы RD под воздействием препаратов олигомерных форм катехина и дигидрокверцетина 96
Заключение 99
Выводы 101
Список литературы 102
Приложение А 128
Благодарности 133
