Введение
Глава 1 Обзор литературы 11
1.1 Ядерно-цитоплазматический экспорт мРНК: история вопроса 11
1.2 Эволюционно консервативное семейство генов Nxf у разных эукариотических организмов 1.2.1 Доменная структура Hs NXF1 (TAP) человека, наиболее изученного белка семейства NXF 16
1.2.2 Механизм экспорта мРНК эукариот 19
1.2.3 Гены семейства Nxf D. melanogaster 22
1.2.4 Организация локуса Dm nxf1 у дрозофилы и мутации в этом локусе 23
1.2.5 Известная функция sbr и результаты, не укладывающиеся в рамки известной функции 26
1.2.6 Транскрипционный полиморфизм и органоспецифичные транскрипты гена sbr 30
1.3 Причины многообразия альтернативных транскриптов 31
1.3.1 Альтернативная инициация транскрипции 31
1.3.2 Альтернативный сплайсинг 32
1.3.3 Альтернативное полиаденилирование 32
1.3.4 Альтернативная транскрипция в семействе генов Nxf 34
1.3.5 Некодирующие РНК и интроны в эволюции 38
1.4 Долгоживущие мРНК и РНК-связывающие белки: связь белков семейства NXF с
различными клеточными процессами 42
Глава 2 Материалы и методы 45
2.1 Линии D.melanogaster 45
2.2 5 и 3 RACE-PCR для определения концевых последовательностей транскриптов гена Nxf1 D. melanogaster 45
2.3 3 RACE-PCR для определения концевых последовательностей транскриптов гена Nxf1 M. musculus 46
2.4 ОТ-ПЦР (ПЦР с обратной транскрипцией) с РНК, выделенной из семенников, в качестве матрицы 46
2.5 ПЦР в реальном времени (ПЦР-РВ) 46
2.6 Вестерн-блот анализ с антителами к фрагменту экзона 9 белка SBR 48 2.7 Дизайн пептидов, получение и очистка поликлональных кроличьих антител на последовательности экзона 1 белка SBR 49
2.8 Получение рекомбинантных белков SBR в E. coli 50
2.9 Вестерн-блот анализ с антителами к фрагменту белка SBR, соответствующему части экзона 1 51
Глава 3 Результаты 52
3.1 Определение состава транскриптов в семенниках взрослых особей линии дикого типа Oregon-R 53
3.2 Определение состава транскриптов в образцах из голов взрослых особей дрозофилы линии дикого типа Oregon-R 57
3.3 Определение состава транскриптов в яичниках взрослых особей линии дикого типа Oregon-R 59
3.4 Транскрипты гена sbr с интроном 5 в различных органах взрослых самцов и самок линии Oregon-R 61
3.5 Количественная характеристика некоторых типов транскриптов 64
3.6 Существуют ли транскрипты, оканчивающиеся в интроне 10, в различных тканях M. musculus? 67
3.7 Разнообразие транскриптов гена sbr в тканях головы, семенников и яичников D. melanogaster 69
3.8 Потенциальное разнообразие белков, кодируемых геном sbr 71
3.9 Идентификация белка SBR, кодируемого специфичными для семенников транскриптами 72
3.10 Идентификация белка SBR, кодируемого интрон-содержащими транскриптами
3.10.1 Характеристика двух типов антител к пептидам, соответствующим последовательностям экзона
3.10.2 Результаты вестерн-блот анализа белков, выделенных из разных органов взрослых особей D. melanogaster 78
3.11 Выявленные экспериментально белки SBR 79
Глава 4 Обсуждение 80
4.1 Альтернативные сайты инициации транскрипции и полиаденилирования. 80
4.1.1 Альтернативное полиаденилирование транскриптов гена sbr 80
4.1.2 Альтернативные промоторы гена sbr (Dm nxf1) 84
4.2 Роль белков SBR в сперматогенезе 86
4.2.1 SBR – изоформа белка SBR, специфичная для семенников 86
4.2.2 Делеция sbr12, затрагивающая домен NTF2-like белка SBR, приводит к стерильности самцов D. melanogaster 87
4.3 Белки SBR в функционировании нервной системы дрозофилы 90
Заключение 93
Выводы 94
Список условных обозначений 95
Список литературы 97
