Введение
Глава 1. Обзор литературы 12
1.1 Строение генома ВГС, гены и их значение 12
1.1.1 Нетранслируемые области 14
1.1.2 Структурные белки 14
1.1.3 Неструктурные белки
1.2 Классификация ВГС: генотипы, субтипы 22
1.3 Клинические аспекты генотипов ВГС 24
1.4 Эпидемиологические аспекты ВГС, основные пути распространения 26
1.5 Географическое распределение генотипов ВГС 32
1.6 Понятие рекомбинации ВГС, данные об известных рекомбинантах всех типов 35
1.7 Заключение 44
Глава 2. Материалы и методы 47
2.1 Сбор образцов 47
2.1.1 Группа пациентов с диагнозом острый гепатит 47
2.1.2 Группа пациентов с диагнозом хронический гепатит 48
2.2 Эпидемиологическое исследование 48
2.2.1 Анкетирование 48
2.2.2 Обработка эпидемиологических данных
2.3 Диагностические тест-системы 49
2.4 Химические реактивы, ферменты и наборы 50
2.5 Диагностика РНК ВГС
2.5.1 Выделение суммарной РНК 51
2.5.2 Обратная транскрипция (ОТ) 51
2.5.3 ПЦР-амплификация 52
2.6 Определение генотипа 54
2.6.1 Детекция и очистка продуктов амплификации 54
2.6.2 Определение нуклеотидных последовательностей 54
2.6.3 Анализ последовательностей 55
2.7 Определение точки рекомбинации 55
2.7.1 Дизайн праймеров для области NS2 55
2.7.2 Пошаговое сканирование (bootscan)
2.8 Дизайн праймеров для скринингового определения генотипа ВГС 58
2.9 Определение геномной последовательности изолята PSA424 61
2.10 Определение времени формирования рекомбинантных изолятов 61
Глава 3. Результаты и обсуждение 63
3.1. Характеристики обследуемой группы 63
3.1.1. Половозрастной состав группы 63
3.1.2. Эпидемиологические данные для инфицированных лиц 64
3.2. Встречаемость субтипов ВГС на территории Алтайского края 69
3.3. Характеристики обнаруженных изолятов 2k/lb, подтверждение точки рекомбинации 76
3.4 Данные о носителях изолятов 2k/lb, клиническая картина 77
3.5 Создание мультиплексной системы для скринингового генотипирования изолятов ВГС. Выявление новых рекомбинантных изолятов 79
3.6. Филогенетическое сравнение полученных изолятов 2k/lb с описанными ранее 83
3.7 Оценка доли изолятов 2k/lb в общей популяции ВГС на территории бывшего СССР 92
Заключение 95
Выводы 99
Список использованной литературы
