Введение 5
1. Обзор литературы 13
1.1. Структура хроматина 13
1.1.1 Первичная структура хроматина 13
1.1.2 Вторичная структура хроматина 15
1.1.3 Третичная структура хроматина 16
1.1.4. Роль нуклеосом в образовании структуры хроматинового волокна 20
1.2. Функциональная активность хроматина 21
1.2.1. Гетерохроматин 21
1.2.2. Эухроматин 24
1.2.3. Внутриядерная локализация доменов хроматина 24
1.3. Методы исследования структуры хроматина 25
1.4. Современные представления о структуре хроматина 30
1.4.1. Нуклеосомные сцепления 30
1.4.2. Хроматиновые петли 31
1.4.3. Топологически ассоциированные домены 32
1.4.4. Хроматиновые компартменты 34
1.4.5. Хромосомные территории 34
1.5. Структурно-функциональная организация хроматина 36
1.6. Ядрышко 39
1.6.1. Структура ядрышка 39
1.6.2. Эпигенетическая регуляция активности генов рРНК 43
1.6.3. Функциональная активность ядрышка 46
1.6.4. Роль ядрышка в формировании микроконденсатов 49
1.7. Гены DUX4 человека 50
2. Материалы и методы исследования 51
2.1. Объекты исследования 51
2.2.Методы исследования51
2.2.1Метод 4С51
2.2.2.Метод RNA-Seq54
2.2.3.Тепловой шок58
2.2.4.Флуоресцентная in situ гибридизация FISH58
2.2.5.Приготовление зонда59
2.2.6.Конфокальная микроскопия60
2.2.7.Анализ изображений60
2.2.8.Статистическая обработка данных60
3.Результаты и обсуждение61
3.1.Кластеры генов рРНК в клетках человека НЕК293Т образуют многочисленные контакты с генами, участвующими в регуляции экспрессии генов61
3.2.Ядрышки образуют контакты с генами, вовлеченными в дифференцировку нейронов в клетках человека НЕК293Т66
3.3.Области хромосом, контактирующие с генами рРНК, обогащены эпигенетическими метками69
3.4.Тепловой шок влияет на архитектуру контактов кластеров генов рРНК71
3.5.Тепловой шок влияет на активность специфических транскрипционных факторов, контактирующих с генами рРНК в клетках НЕК293Т75
3.6.Область контактов ядрышек с геном FANK1 соответствует неактивному хроматину80
3.7.Межхромосомные контакты ядрышек с генами DUX4 человека чувствительны к тепловому шоку83
3.8.Гены, контактирующие с генами рРНК, часто включают двухцепочечные разрывы85
3.9.Гены, контактирующие с ядрышком, связаны с канцерогенезом89
3.10.Почти половина генов, контактирующих с ядрышком, совпадает в клетках человека НЕК293Т и К56291
3.11.Исследование межхромосомных контактов кластеров генов рРНК и DUX4 методом флуоресцентной in situ гибридизации (FISH)93
Заключение99
Список сокращений103
Список литературы104
Приложения134
