Введение
ГЛАВА 1. Обзор литературы 9
1.1. Псориаз, генетика и иммунопатогенез заболевания 9
1.1.1. Генетика и эпигенетика псориаза 11
1.1.2. Иммунопатогенез псориаза 15
1.2. Сравнительный анализ различных методов изучения экспрессии генов 21
1.2.1. Исследование псориаза с помощью технологии микрочипов 22
1.2.2. Полногеномное секвенирование транскриптома при анализе патологий кожи 30
1.3. AP-1 и его роль в иммунитете и воспалении 34
1.3.1. Общие характеристики семейства AP-1 34
1.3.2. Семейство JUN 38
1.3.3. Семейство FOS: FOS, FOSB, FRA2 39
1.4. FRA1, его основные характеристики 41
ГЛАВА 2. Материалы и методы 45
2.1. Биологический материал 45
2.2. Ферменты и реактивы 45
2.3. Клеточные линии и штаммы 46
2.4. Выделение РНК из кожи с применением реактива Trizol 46
2.5. Выделение РНК из кожи на колонках 47
2.6. Обратная транскрипция 48
2.7. Количественная ПЦР в реальном времени 48
2.8. Культивирование клеточных линий 50
2.9. Создание конструкций для гиперэкспрессии FRA1 51
2.10. Получение вирусных частиц для заражения клеток 53
2.11. Индуцибельная гиперэкспрессия FRA1 55
2.12. Вестерн-блот гибридизация 56
2.13. Ингибирование экспрессии FRA1 методом РНК-интерференции 57
2.14. Иммуногистохимическое окрашивание при помощи системы визуализации NOVOLINK 59
2.15. Массивное параллельное секвенирование РНК по технологии SOLID 4 60
2.16. Статистическая обработка результатов 62
2.17. Обогащение генных сетей дифференциально экспрессированными генами при помощи программного пакета MetaCore 65
ГЛАВА 3. Результаты и обсуждение 67
3.1. Оценка полногеномных профилей экспрессии при псориазе 67
3.2. Сигнальные каскады, измененные при псориазе 73
3.3. Поиск основных регуляторов транскрипции, связанных с развитием заболевания 76
3.4. Карты генных взаимодействий, обогащенные дифференциально экспрессированными при псориазе генами 81
3.4.1. Ремоделирование внеклеточного матрикса 81
3.4.2. Ремоделирование цитоскелета кератиноцитов 85
3.4.3. Клеточный цикл и пролиферация 87
3.4.4. Цитокин-опосредованные сигнальные каскады 89
3.5. Транскрипционный фактор AP-1 и его роль в развитии псориаза 93
3.6. Оценка экспрессии генов AP-1 при псориазе 96
3.7. Оценка накопления белка FRA1 в пораженной псориазом коже 99
3.8. Роль регуляции FRA1 и его гены-мишени 101
3.9. Изменения экспрессии мишеней при сверхэкспрессии FRA1 104
3.10. Изменения экспрессии мишеней при ингибировании FRA1 108
Заключение 114
Выводы 114
Приложения 121
Список использованной литературы 130
