Введение
1 Введение 4
1.1 Актуальность темы исследования и степень ее разработанности 4
1.2 Цели и задачи 5
1.3 Научная новизна работы 5
1.4 Теоретическая и практическая значимость работы 6
1.5 Положения выносимые на защиту 6
1.6 Степень достоверности и апробация результатов 7
2 Обзор литературы 8
2.1 Краткая характеристика O. felineus и вызываемого им заболевания 8
2.1.1 Систематическое положение 8
2.1.2 Жизненный цикл 10
2.1.3 Ареал распространения 12
2.1.4 Описторхоз как заболевание 13
2.2 Функциональная геномика и транскриптомика трематод 15
2.2.1 Методология исследования транскриптомов 15
2.2.2 Метаболизм трематод 16
2.2.3 Покровные ткани 18
2.2.4 Строение тела и двигательная система 18
2.2.5 Пути трансдукции сигналов 20
2.2.6 Стволовые клетки трематод 21
2.2.7 Гельминтозы и онкологические заболевания 22
2.2.8 Взаимодействие паразита и хозяина на гуморальном уровне 23
2.2.9 Ответ на внешние факторы
2.2.10 Транскриптом разных стадий жизненного цикла 27
2.2.11 Особенности молекулярно-генетической организации трематод 28
2.2.12 Потенциальные мишени для диагностики, лечения и вакцинирования 29
2.3 Заключение 30
3 Материалы и методы 32
3.1 Бактериальные штаммы: 32
3.2 Реактивы и смеси 32
3.3 Экспериментальные методы
3.3.1 Сбор биологического материала 33
3.3.2 Создание кДНК библиотеки и ее анализ методом секвенирования по Сэнгеру 33 3.3.3 Создание и секвенирование библиотеки с помощью технологии Illumina Solexa 36
3.4 Биоинформатический анализ последовательностей 37
3.4.1 Сборка транскриптома 37
3.4.2 Анализ экспрессии 37
3.4.3 Аннотация транскриптов 38
3.4.4 Филогенетический анализ 39
4 Результаты и обсуждение 40
4.1 Общая характеристика полученных данных 40
4.2 Состав доминантных компонент транскриптома
4.2.1 HDM белки 43
4.2.2 Миоглобин 45
4.2.3 Вителлин (белок оболочки яйца) 47
4.2.4 Цистеиновые протеазы 48
4.2.5 28 кДа глутатион трансфераза 49
4.2.6 Транскрипты кДНК библиотеки, кодирующие экскреторно-секреторные белки
4.3 Транскриптом O. felineus и консервативные гены эукариот 52
4.4 Классификация предсказанных белков O. felineus терминах Генной онтологии 55
4.5 Анализ метаболических путей с помощью KEGG 58
4.6 Транскриптом метацеркарии O. felineus – сравнение со взрослой стадией 61
4.7 Рибосомальные белки и филогения описторхид 66
4.8 Потенциальная канцерогенность O. felineus
5 Заключение 72
6 Выводы 75
7 Список сокращений 76
8 Список литературы 77
