Введение
ГЛАВА 1. Обзор литературы 12
1.1 Распространение серин-треониновых протеинкиназ эукариотического типа у бактерий 12
1.2 Структура серин-треониновых протеинкиназ грамположительных бактерий 15
1.3 Функции серин-треониновых протеинкиназ грамположительных бактерий 22
1.4 Различные методы классификации серин-треониновых протеинкиназ 26
1.5 Происхождение, эволюция и распространение бифидобактерий: возможная роль сигнал-передающих систем в адаптации к различным экологическим нишам 28
ГЛАВА 2. Материалы и методы 35
2.1 Штаммы бактерий и условия культивирования .35
2.2 Выделение ДНК и РНК из клеток бифидобактерий 35
2.3 Обратная транскрипция 36
2.4 Подбор праймеров и ПЦР 36
2.5 Процедуры молекулярного клонирования 37
2.6 Изучение экспрессии белков в клетках E. coli .38
2.7 Выделение и очистка белков 38
2.8 Aвтофосфорилирование киназ 39
2.9 Геномы грамположительных бактерий и их серин-треониновые протеинкиназы 2.10 Множественное выравнивание и филогенетический анализ серин-треониновых протеинкиназ грамположительных бактерий 41
2.11 Моделирование белковых структур серин-треониновых протеинкиназ грамположительных бактерий 41
2.12 Определение нуклеотидной последовательности геномов 42
2.13 Биоинформатический анализ серин-треониновых протеинкиназ бифидобактерий...43
ГЛАВА 3. Результаты и обсуждениe 45
3.1 Классификация серин-треониновых протеинкиназ грамположительных бактерий 45
3.1.1 Анализ последовательностей и структур серин-треониновых протеинкиназ грамположительных бактерий 45
3.1.2 Создание и описание классификации 49
3.1.3 Сравнение результатов классификации с филогенетическим анализом серин-треониновых протеиникиназ грамположительных бактерий 56
3.1.4 Моделирование пространственной структуры серин-треониновых протеинкиназ грамположительных бактерий 58
3.1.5 Поиск и сравнительный анализ серин-треониновых протеинкиназ из секвенированных геномов грамположительных бактерий (представителей родов Mycobacterium, Streptomyces и Bifidobacterium) 60
3.1.6 Возможности практического применения созданной классификации при разработке селективных ингибиторов протеинкиназ 62
3.2 Анализ серин-треониновых протеинкиназ бифидобактерий 66
3.2.1 Идентификация, характеристика и доменная организация серин-треониновых протеинкиназ бифидобактерий 66
3.2.2 Множественное выравнивание и анализ аминокислотных последовательностей серин-треониновых протеинкиназ бифидобактерий .68
3.2.3 Филогенетический анализ серин-треониновых протеинкиназ бифидобактерий..72
3.2.4 Расположение генов серин-треониновых протеинкиназ бифидобактерий на хромосомной карте .76
3.2.5 Ортологи генов серин-треониновых протеинкиназ бифидобактерий в геномах актинобактерий; предполагаемые функции серин-треониновых протеинкиназ бифидобактерий 78
3.2.6 Клонирование генов серин-треониновых протеинкиназ штамма B. longum B379M... 82
3.2.7 Экспрессия генов серин-треониновых протеинкиназ штамма B. longum B379M в клетках E. coli .83
3.2.8 Экспрессия генов серин-треониновых протеинкиназ в клетках бифидобактерий 84
3.2.9 Изучение возможности автофосфорилирования для протеинкиназ Pkb2 и Pkb5 .85
Заключение 88
Выводы 90
Список сокращений 91
Словарь терминов .92
Список литературы
