Введение
1. Обзор литературы 11
1.1. Экология вируса Карши и его географическое распространение 11
1.2. Биологические свойства вируса Карши 12
1.2.1. Патогенные свойства вируса 13
1.2.2. Роль вируса Карши в патологии человека 14
1.3. Иммунохимические характеристики вируса 14
1.4. Таксономическое положение вируса Карши 15
1.5. Молекулярно-биологические характеристики флавивирусов 19
1.5.1. Структура генома флавивирусов 21
1.5.2. Вирусные белки 22
1.5.3. Репродуктивный цикл флавивирусов 30
1.6. Филогенетические взаимоотношения представителей рода Flavivirus 32
1.7. Проблемы классификации вирусов комплекса клещевого энцефалита 41
2. Материалы и методы 46
2.1. Исследуемые штаммы 46
2.2. Использованные олигонуклеотидные праймеры 47
2.3. Выделение вирусной РНК 50
2.4. Реакция обратной транскрипции 51
2.5. Проведение полимеразной цепной реакции 52
2.6. Определение 5-концевой последовательности геномной РНК 52
2.7. Электрофорез ДНК 54
2.8. Подготовка ДНК для секвенирования 54
2.9. Секвенирование ДНК 55
2.10. Построение алайментов и филогенетический анализ 55
2.11. Клонирование ПЦР-фрагментов 60
3. Результаты исследований и их обсуждение 62
3.1. Определение первичной нуклеотидной последовательности генома вируса Карши (штамм LEIV-2247 Uz) 62
3.2. Определение первичной нуклеотидной последовательности генома штамма LEIV-7192 Tur 65
3.3. Анализ структуры полноразмерного генома вируса Карши 68
3.3.1. Особенности организации белков вируса Карши 70
3.3.2. 5-нетранслируемая область генома 78
3.4. Филогенетические взаимоотношения вируса Карши и других представителей рода Flavivirus 80
3.5. Создание лабораторного варианта ОТ-ПЦР для детекции вируса Карши 91
Заключение 98
