Введение
ГЛАВА 1. Роль погребенных местообитаний как природных депозитариев микробного разнообразия 10
1.1. Погребенные местообитания как свидетели эволюции биосферы 10
1.2. Жизнь в подповерхностных местообитаниях
1.2.1. Изучение глубокопогребенных грунтов и многолетнемерзлых отложений 17
1.2.2. Изучение погребенных почв археологических памятников различного возраста 20
1.3. Биотехнологический потенциал погребенных микробных сообществ 26
ГЛАВА 2. Проблема покоящихся форм и труднореактивируемых микробных сообществ 27
2.1. Механизмы образования покоящихся форм прокариот 28
2.2. Роль покоящихся форм микроорганизмов в поддержании гомеостаза сообщества 34
2.3. Вывод клеток прокариот из покоящегося состояния в естественных условиях и в условиях лаборатории 36
2.4. Биотехнологический потенциал покоящихся форм почвенных микроорганизмов 39
ГЛАВА 3. Метагеномика как инструмент исследования труднореактивируемых микробных сообществ 41
3.1. Метагеномика почвенных сообществ 41
3.2. Метагеномика погребенных местообитаний 43
3.3. Метагеномика многолетнемерзлых отложений 44
ГЛАВА 4. Объекты и методы исследования 46
4.1. Объекты исследования 46
4.2. Методы исследования 48
ГЛАВА 5. Результаты и обсуждение 60
5.1. Динамика эмиссии диоксида углерода из почв и грунтов при внесении полисахаридов 60
5.2. Динамика общей численности и биомассы микроорганизмов в почвах и грунтах при внесении полисахаридов 65
5.3. Метаболически активный микробный комплекс исследуемых почв и грунтов
5.3.1. Исследование отклика активного микробного комплекса исследуемых почв и грунтов на внесение полисахаридов 72
5.3.2. Идентификация отдельных филогенетических групп активного микробного комплекса и оценка их биомассы
5.4. Выделение и идентификация доминантов гидролитического сообщества исследуемых почв и грунтов 83
5.5. Метагеномный анализ прокариотных микробных сообществ исследуемых почв и грунтов (таксономическая структура сообщества) 88
5.6. Метагеномный анализ прокариотных микробных сообществ исследуемых почв и грунтов (функциональная структура сообщества) 97
Заключение 110
Выводы 112
Список литературы 114
